refactor(ops): массовая заливка — в общий конвейер вместо отдельных скриптов
Заливку Википедии и PMC я сделал отдельными скриптами мимо существующей инфраструктуры: запуск руками через ssh, состояние в файле в /tmp, никакой видимости. Результат предсказуем — за неделю обе умерли молча (обрыв базы на 20 008 статьях из 2 млн и таймаут сети на 85 тыс. из 100 тыс.), прогресс потерялся, а узнали мы об этом через неделю. При том что рядом лежит готовый механизм: parse_sources, прогоны со шкалой, журнал, кнопки, ретраи Celery. Теперь это обычные типы источника — wikipedia_ru и pmc_bulk: - заводятся и запускаются из админки, как OpenAlex или КиберЛенинка; - показывают ту же шкалу, журнал и кнопку остановки; - падение воркера больше не теряет прогресс: позиция продолжения хранится в parse_sources.resume_token (номер статьи в дампе / токен страницы бакета), повторный запуск берёт следующую порцию; - укладываются в бюджет времени таска — заливка идёт порциями, а не одним многосуточным процессом. Чего не хватало конвейеру для миллионов и что добавлено: - парсеры отдают генератор, а не список: 2 млн статей в память не влезают; - app/bulk_writer.py — запись пачками через COPY (21 тыс. строк/с против 6.7 тыс. построчно) с переподключением к базе при обрыве; - эмбеддинги при массовой заливке не диспатчатся: они на порядок медленнее и стали бы узким местом, вектора досчитываются отдельно (reembed_missing.py). scripts/ops/bulk_ingest_*.py удалены — их работу делает конвейер. Проверено на проде: оба парсера отдают документы, прогон через run_parser завершается штатно, позиция продолжения сдвигается (300 → 600), повторный запуск продолжает с неё. Co-Authored-By: Claude Opus 5 <noreply@anthropic.com>
This commit is contained in:
@@ -78,7 +78,9 @@
|
||||
- **fingerprints** — `doc_id`, `hash_value` (BIGINT, Winnowing), `position` — для L1.
|
||||
- **usage_logs** — `user_id`, `action` — учёт лимитов по тарифу.
|
||||
- **parse_sources** — задания парсеров (админка): тип, query, годы, лимит, статус,
|
||||
`last_run_id` — ссылка на последний прогон.
|
||||
`last_run_id` — ссылка на последний прогон, `resume_token` — позиция
|
||||
продолжения для массовых источников (номер статьи в дампе, токен страницы
|
||||
бакета).
|
||||
- **parse_runs** — прогоны заливки: стадия, счётчики (`target/fetched/processed/
|
||||
added/duplicates/skipped/failed`), `cancel_requested`, `heartbeat_at`, журнал
|
||||
событий (JSON). Тайминги раздельные: `started_at` — постановка в очередь,
|
||||
@@ -119,10 +121,20 @@
|
||||
`app.bibliography.build_bibliography` (сортировка кириллица→латиница, нумерация,
|
||||
формат 7.1/7.0.5) → результат.
|
||||
|
||||
**Наполнение корпуса.** админка/CLI → `index.run_parser` (OpenAlex/arXiv/PMC/
|
||||
КиберЛенинка, фильтр `is_oa`) → `index.add_document` (дедуп по `ext_id`,
|
||||
fingerprints, MinHash, эмбеддинг) → `index.enrich_full_text` (скачать OA-PDF →
|
||||
MinIO → переиндексация). Ход заливки пишется в `parse_runs` (§12).
|
||||
**Наполнение корпуса.** админка → `index.run_parser` — один конвейер для всех
|
||||
источников, со шкалой, журналом и кнопкой остановки. Внутри два пути записи:
|
||||
|
||||
- *обычные источники* (OpenAlex/arXiv/PMC/КиберЛенинка, фильтр `is_oa`) —
|
||||
`index.add_document` на каждый документ: дедуп по `ext_id`, fingerprints,
|
||||
MinHash, Elasticsearch, эмбеддинг, затем `index.enrich_full_text` (скачать
|
||||
OA-PDF → MinIO → переиндексация);
|
||||
- *массовые источники* (`wikipedia_ru`, `pmc_bulk`) — парсер отдаёт генератор,
|
||||
запись идёт пачками через `COPY` (`app/bulk_writer.py`), позиция продолжения
|
||||
хранится в `parse_sources.resume_token`. Эмбеддинги там не считаются: они
|
||||
медленнее заливки на порядок и стали бы её узким местом, вектора
|
||||
досчитываются отдельно (§12).
|
||||
|
||||
Ход заливки в обоих случаях пишется в `parse_runs` (§12).
|
||||
Второй путь наполнения — ручная загрузка файлов админом: api сохраняет их в
|
||||
MinIO (`corpus-upload/`) → `index.ingest_upload` (извлечь текст → `add_document`,
|
||||
`source=manual_upload`). Это не проверка на плагиат: файл сразу становится
|
||||
|
||||
@@ -62,7 +62,7 @@
|
||||
|
||||
| Источник | Объём | Годен для массовой заливки |
|
||||
|----------|-------|----------------------------|
|
||||
| **Википедия ru** | дамп 5.6 ГБ, ~2 млн статей | **да** — `bulk_ingest_wikipedia_ru.py`, потоком без блокировок, ~919 отпечатков на статью. Требует осмысленный User-Agent, иначе 403 |
|
||||
| **Википедия ru** | дамп 5.6 ГБ, ~2 млн статей | **да** — тип источника `wikipedia_ru`, ~919 отпечатков на статью. Дамп качается заранее (Wikimedia отдаёт 403 без осмысленного User-Agent и рвёт долгие потоковые соединения) |
|
||||
| КиберЛенинка | ~3 млн статей | нет — блокирует выкачку PDF после ~130 запросов |
|
||||
| OpenAlex `language:ru` + OA | заявлено 395 410 | практически нет — по прямым `pdf_url` скачалось 2 из 10 (остальное 403 издателей), а метка языка ненадёжна: в выдаче попадаются англоязычные журналы |
|
||||
| eLIBRARY.RU (РИНЦ) | ~40 млн | только по договору, публичной выгрузки нет |
|
||||
@@ -72,19 +72,36 @@
|
||||
Википедия формально не научный источник, но студенты копируют из неё чаще всего,
|
||||
а по объёму связного русского текста ей нет альтернативы среди доступного.
|
||||
|
||||
### Массовая заливка: bulk вместо API
|
||||
### Массовые источники — тот же конвейер, что и обычные
|
||||
|
||||
Постраничные API дают 1-2 статьи в секунду и упираются в rate limit — миллионы
|
||||
так не залить. Для объёма есть `scripts/ops/bulk_ingest_pmc.py`: открытый бакет
|
||||
`pmc-oa-opendata` (ключ не нужен) отдаёт у каждой статьи готовый извлечённый
|
||||
текст. Проверено 31.08: 100 статей, 183 090 отпечатков — 1831 на статью, то есть
|
||||
настоящая глубина, а не аннотация.
|
||||
так не залить. Для объёма есть два типа источника, которые читают дамп или
|
||||
бакет потоком:
|
||||
|
||||
| Тип | Откуда | Особенность |
|
||||
|-----|--------|-------------|
|
||||
| `wikipedia_ru` | локальный дамп `scripts/parsers/ruwiki.xml.bz2` | позиция продолжения — номер статьи в дампе |
|
||||
| `pmc_bulk` | бакет `pmc-oa-opendata` (открыт, ключ не нужен) | позиция — токен страницы бакета; у каждой статьи готовый извлечённый текст |
|
||||
|
||||
Заводятся и запускаются они как любой другой источник — через админку, и точно
|
||||
так же показывают шкалу, журнал и кнопку остановки. Отличия внутри:
|
||||
|
||||
- парсер отдаёт **генератор**, а не список: миллионы статей в память не влезут;
|
||||
- запись идёт пачками через `COPY` (`worker-indexer/app/bulk_writer.py`) —
|
||||
построчная вставка даёт 6.7 тыс. строк/с против 21 тыс. у COPY, а миллион
|
||||
статей это ~2 млрд отпечатков;
|
||||
- **эмбеддинги при заливке не считаются**: они медленнее заливки и сделали бы её
|
||||
узким местом. L1 и L2 работают сразу, векторы досчитываются потом
|
||||
(`scripts/ops/reembed_missing.py`);
|
||||
- позиция продолжения хранится в `parse_sources.resume_token`, поэтому источник
|
||||
запускается повторно до исчерпания — каждый прогон берёт следующую порцию и
|
||||
укладывается в бюджет времени таска.
|
||||
|
||||
Планировать объём: 1 млн статей ≈ 2 млрд отпечатков ≈ 200 ГБ в базе с индексами.
|
||||
При таком росте индексы перестают помещаться в память сервера БД — проверено на
|
||||
практике: поиск L1 деградировал с 31 мс до 484 мс, пока не увеличили RAM и
|
||||
`shared_buffers` (см. DR-HA.md).
|
||||
|
||||
Ограничение по темпу: 0.3 статьи/с, миллион в один поток — около 40 суток.
|
||||
Скачивание тут не узкое место (12 статей/с в 12 потоков), упирается в
|
||||
последовательную обработку документа; для миллионов её надо распараллелить по
|
||||
ядрам воркера. Планировать объём: 1 млн статей ≈ 2.5 млрд отпечатков ≈ 400 ГБ
|
||||
в базе с индексами (сейчас 113 млн строк занимают 12 ГБ).
|
||||
## Что подготовлено
|
||||
|
||||
- **Парсер CyberLeninka починен** (`scripts/parsers/cyberleninka.py`): раньше слал GET
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user