feat(indexer): скачивание полного текста статей + батчинг эмбеддингов

Раньше корпус состоял только из метаданных: парсеры отдают full_text=None,
fingerprints/эмбеддинги считались из аннотаций, MinIO статьями не наполнялся
вовсе. Проверка плагиата шла против абстрактов, а не тел статей.

Добавлено:
- app/fulltext.py: best-effort скачивание PDF по url источника (стрим с
  лимитом размера, детект PDF по content-type/magic), извлечение текста
  через PyMuPDF.
- index.enrich_full_text: новая задача — качает полный текст, кладёт в MinIO
  (documents/corpus/{id}.txt), пересчитывает fingerprints по полному тексту,
  обновляет MinHash. Диспатчится из add_document при FETCH_FULL_TEXT=true.
- openalex: предпочитаем прямую ссылку на PDF (best_oa_location.pdf_url)
  вместо лендинга — покрытие full-text выросло с 17% до 33% на выборке.
- run_parser батчит эмбеддинги (EMBED_BATCH_SIZE) вместо диспатча по одному
  документу: worker-gpu кодирует пачку разом и реже переписывает FAISS-индекс.

Покрытие ~33% (прямые OA-PDF: arxiv/usenix/springer/techscience и т.п.);
для остального остаётся фолбэк на аннотацию. Управляется FETCH_FULL_TEXT.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>
This commit is contained in:
jze9
2026-07-23 19:42:02 +05:00
parent 38b000703a
commit ef2723e1d3
4 changed files with 203 additions and 14 deletions

View File

@@ -242,20 +242,24 @@ def extract_and_check(
@celery_app.task(name="index.add_document")
def add_document(doc_data: dict[str, Any]) -> dict[str, Any]:
def add_document(doc_data: dict[str, Any], dispatch_embed: bool = True) -> dict[str, Any]:
"""
Добавить документ из внешнего источника в систему.
Алгоритм:
1. Дедупликация по ext_id
2. Сохранить метаданные в PostgreSQL
3. Индексировать в Elasticsearch
4. Вычислить Winnowing fingerprints
5. Добавить в MinHash LSH
6. Диспатч gpu.embed_documents для FAISS эмбеддингов
3. Вычислить провизорные Winnowing fingerprints (из аннотации)
4. Добавить в MinHash LSH
5. Индексировать в Elasticsearch
6. Диспатч gpu.embed_documents для FAISS эмбеддингов (если dispatch_embed)
7. Если включён FETCH_FULL_TEXT и есть url — диспатч index.enrich_full_text,
который скачает полный текст и пересчитает fingerprints по нему.
Args:
doc_data: Словарь с метаданными документа
dispatch_embed: Диспатчить ли эмбеддинг по одному документу. При массовой
заливке run_parser выключает это и батчит эмбеддинги сам.
Returns:
dict со статусом операции и doc_id
@@ -325,16 +329,91 @@ def add_document(doc_data: dict[str, Any]) -> dict[str, Any]:
except Exception as e:
logger.warning(f"Ошибка индексации в ES для документа {doc_id}: {e}")
# Диспатч FAISS эмбеддингов
celery_app.send_task(
"gpu.embed_documents",
args=[[doc_id]],
queue="queue.gpu",
)
# Диспатч FAISS эмбеддингов (по одному документу; при массовой заливке
# run_parser выключает это и батчит сам)
if dispatch_embed:
celery_app.send_task(
"gpu.embed_documents",
args=[[doc_id]],
queue="queue.gpu",
)
# Обогащение полным текстом: скачать PDF по url и пересчитать fingerprints
if settings.FETCH_FULL_TEXT and doc_data.get("url"):
celery_app.send_task(
"index.enrich_full_text",
args=[doc_id, doc_data["url"]],
queue="queue.index",
)
return {"status": "indexed", "doc_id": doc_id}
@celery_app.task(
name="index.enrich_full_text",
bind=True,
max_retries=2,
default_retry_delay=120,
)
def enrich_full_text(self, doc_id: int, url: str) -> dict[str, Any]:
"""Скачать полный текст статьи и пересчитать по нему fingerprints.
Метаданные и провизорные fingerprints (из аннотации) уже сохранены в
add_document. Здесь мы:
1. Скачиваем PDF по url и извлекаем текст (best-effort).
2. Сохраняем полный текст в MinIO (bucket documents, префикс corpus/).
3. Заменяем fingerprints документа на посчитанные по полному тексту.
4. Обновляем MinHash LSH.
Недоступный/не-PDF источник — не ошибка: возвращаем no_fulltext.
"""
from app.fulltext import fetch_full_text
from app.models import Document, Fingerprint
text = fetch_full_text(url)
if not text:
return {"status": "no_fulltext", "doc_id": doc_id}
# Сохранить полный текст в MinIO
try:
minio = get_minio()
key = f"corpus/{doc_id}.txt"
data = text.encode("utf-8")
minio.put_object(
settings.MINIO_BUCKET_DOCS, key, io.BytesIO(data), length=len(data),
content_type="text/plain; charset=utf-8",
)
except Exception as exc:
logger.error(f"enrich_full_text: не удалось сохранить текст в MinIO для {doc_id}: {exc}")
raise self.retry(exc=exc, countdown=120)
# Пересчитать fingerprints по полному тексту
doc_fp = winnow(text)
hashes = list(doc_fp)[: settings.MAX_FINGERPRINTS_PER_DOC]
from sqlalchemy import delete
with db_session() as session:
doc = session.get(Document, doc_id)
if doc is None:
return {"status": "doc_gone", "doc_id": doc_id}
doc.minio_key = key
# Удалить провизорные fingerprints и записать новые
session.execute(delete(Fingerprint).where(Fingerprint.doc_id == doc_id))
for i, hash_val in enumerate(hashes):
session.add(Fingerprint(doc_id=doc_id, hash_value=hash_val, position=i))
session.commit()
# Обновить MinHash LSH по полному тексту
add_to_lsh(f"doc:{doc_id}", text)
logger.info(
f"enrich_full_text: doc={doc_id} полный текст {len(text)} симв., "
f"fingerprints={len(hashes)}"
)
return {"status": "ok", "doc_id": doc_id, "chars": len(text), "fingerprints": len(hashes)}
def _stage_work(
task_id: str,
minio_key: str,
@@ -451,16 +530,35 @@ def run_parser(source_id: int) -> dict[str, Any]:
parser = P()
# fetch+transform без записи в JSONL — работаем in-memory
raw_docs = parser.fetch(**fetch_kwargs)
# Эмбеддинги диспатчим пачками, а не по одному документу: так worker-gpu
# кодирует батч разом и переписывает FAISS-индекс на диск раз в N добавлений,
# а не на каждый документ.
embed_batch: list[int] = []
batch_size = settings.EMBED_BATCH_SIZE
def _flush_embed() -> None:
if embed_batch:
celery_app.send_task(
"gpu.embed_documents", args=[list(embed_batch)], queue="queue.gpu"
)
embed_batch.clear()
for raw in raw_docs:
try:
doc = parser.transform(raw)
if not (doc and doc.get("title") and doc.get("ext_id")):
continue
result = add_document(doc)
result = add_document(doc, dispatch_embed=False)
if result.get("status") == "indexed":
added += 1
embed_batch.append(result["doc_id"])
if len(embed_batch) >= batch_size:
_flush_embed()
except Exception as e:
logger.warning(f"run_parser: ошибка документа: {e}")
_flush_embed()
except Exception as e:
error_msg = str(e)[:500]
logger.error(f"run_parser source={source_id} ошибка: {e}", exc_info=True)