fix(ops): заливки переживают обрывы базы и сети

За неделю обе массовые заливки умерли молча и не возобновились: Википедия на 20 008 статьях из ~2 млн («server closed the connection»), PMC примерно на 85 тыс. из 100 тыс. (таймаут SSL-рукопожатия). Ни ретраев, ни возобновления. - запись пачки повторяется с переподключением к базе (5 попыток с паузой); - обрыв листинга бакета стоит паузы, а не всей заливки; - у Википедии сохраняется позиция в дампе — после сбоя продолжаем с неё, а не проматываем с нуля, полагаясь на дедуп по ext_id; - батч уменьшен (500 статей × 2000 отпечатков = миллион строк в одной транзакции — вероятная причина обрыва); - обрезка отпечатков переведена на равномерную выборку. Co-Authored-By: Claude Opus 5 <noreply@anthropic.com>
2026-09-05 19:13:01 +05:00
parent 476682741e
commit f4092e5331
2 changed files with 163 additions and 65 deletions
--- a/scripts/ops/bulk_ingest_pmc.py
+++ b/scripts/ops/bulk_ingest_pmc.py
@@ -25,15 +25,15 @@
 залитые пропускаются. Прогресс листинга сохраняется в --state-file, поэтому
 прерванная заливка продолжается с той же страницы бакета.

-Проверено на проде 2026-08-31: 100 статей залито, 183 090 отпечатков (1831 на
-статью — реальная глубина, а не аннотация). Темп — 0.3 статьи/с, то есть
-миллион в один поток занял бы около 40 суток: скачивание тут не узкое место
-(12 статей/с в 12 потоков), упирается в последовательную обработку одного
-документа. Для миллионов обработку нужно распараллелить по ядрам воркера —
-это следующий шаг, до него скрипт годится для порций в десятки тысяч.
+Проверено на проде: 1831 отпечаток на статью — реальная глубина, а не аннотация.
+Темп ~2 статьи/с в один поток (0.3 ст/с из первого замера были получены, когда
+база одновременно считала эмбеддинги). Скачивание не узкое место (12 статей/с в
+12 потоков), упирается в последовательную обработку документа — для миллионов
+её нужно распараллелить по ядрам воркера.
 """

 import argparse
+import contextlib
 import io
 import json
 import os
@@ -93,6 +93,76 @@ def fetch_one(client, art_id: str) -> dict | None:
    }


+
+
+def write_batch(conn, connect, docs: list[dict], fp_limit: int) -> tuple:
+    """Записать пачку статей, пережив обрыв соединения с базой.
+
+    Прошлые прогоны умирали целиком от `server closed the connection`, теряя и
+    позицию в бакете. Здесь обрыв стоит переподключения и повтора.
+
+    Returns:
+        (соединение, добавлено, пропущено, отпечатков) — соединение может быть
+        новым, если пришлось переподключаться
+    """
+    import psycopg2
+    from app.algorithms.winnowing import sample_evenly, winnow_ordered
+
+    for attempt in range(1, 6):
+        try:
+            added = skipped = fp_count = 0
+            with conn.cursor() as cur:
+                # ON CONFLICT — повторный прогон не плодит дубли
+                cur.executemany(
+                    """INSERT INTO documents (ext_id, source, title, doi, year, lang, journal,
+                                              abstract, authors, indexed_at)
+                       VALUES (%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,'[]'::json, now())
+                       ON CONFLICT (ext_id) DO NOTHING""",
+                    [(d["ext_id"], "pmc", d["title"], d["doi"], d["year"], "en",
+                      d["journal"], d["text"][:2000]) for d in docs],
+                )
+                cur.execute("SELECT id, ext_id FROM documents WHERE ext_id = ANY(%s)",
+                            ([d["ext_id"] for d in docs],))
+                id_by_ext = {e: i for i, e in cur.fetchall()}
+
+                # COPY вместо построчных INSERT — единственный способ писать
+                # миллиарды строк за разумное время
+                buf = io.StringIO()
+                for d in docs:
+                    doc_id = id_by_ext.get(d["ext_id"])
+                    if doc_id is None:
+                        continue
+                    cur.execute("SELECT 1 FROM fingerprints WHERE doc_id=%s LIMIT 1", (doc_id,))
+                    if cur.fetchone():
+                        skipped += 1
+                        continue
+                    # Равномерно по тексту, а не первые N: иначе хвост статьи
+                    # остаётся без отпечатков
+                    hashes = sample_evenly(winnow_ordered(d["text"]), fp_limit)
+                    for pos, h in enumerate(hashes):
+                        buf.write(f"{doc_id}\t{h}\t{pos}\n")
+                    fp_count += len(hashes)
+                    added += 1
+                buf.seek(0)
+                if added:
+                    cur.copy_from(buf, "fingerprints",
+                                  columns=("doc_id", "hash_value", "position"))
+            conn.commit()
+            return conn, added, skipped, fp_count
+
+        except psycopg2.OperationalError as e:
+            wait = min(60, 5 * attempt)
+            print(f"  база недоступна ({str(e).strip()[:60]}), повтор через {wait}с "
+                  f"[{attempt}/5]", flush=True)
+            time.sleep(wait)
+            with contextlib.suppress(Exception):
+                conn.close()
+            with contextlib.suppress(Exception):
+                conn = connect()
+
+    raise RuntimeError("не удалось записать пачку после 5 попыток")
+
+
 def main() -> None:
    ap = argparse.ArgumentParser(description=__doc__,
                                 formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter)
@@ -105,7 +175,6 @@ def main() -> None:

    import httpx
    import psycopg2
-    from app.algorithms.winnowing import winnow
    from app.config import settings

    token = None
@@ -114,19 +183,31 @@ def main() -> None:
            token = json.load(fh).get("token")
        print("продолжаю листинг с сохранённой позиции")

-    client = httpx.Client(timeout=60, headers={"User-Agent": "AcademicHelper/1.0 (noreply@jze9.ru)"})
-    conn = psycopg2.connect(host=settings.POSTGRES_HOST, port=settings.POSTGRES_PORT,
-                            dbname=settings.POSTGRES_DB, user=settings.POSTGRES_USER,
-                            password=settings.POSTGRES_PASSWORD)
+    client = httpx.Client(timeout=60,
+                          headers={"User-Agent": "AcademicHelper/1.0 (noreply@jze9.ru)"})

-    added = skipped = failed = 0
-    fp_total = 0
+    def connect():
+        return psycopg2.connect(
+            host=settings.POSTGRES_HOST, port=settings.POSTGRES_PORT,
+            dbname=settings.POSTGRES_DB, user=settings.POSTGRES_USER,
+            password=settings.POSTGRES_PASSWORD,
+        )
+
+    conn = connect()
+    added = skipped = failed = fp_total = done = 0
    t0 = time.time()
-    done = 0

    while done < args.limit:
        want = min(args.batch, args.limit - done)
-        ids, token = list_articles(client, token, want)
+        # Сеть у бакета иногда отваливается (прошлый прогон умер на таймауте
+        # SSL-рукопожатия) — это стоит паузы, а не всей заливки
+        try:
+            ids, token = list_articles(client, token, want)
+        except Exception as e:
+            print(f"  листинг не удался ({type(e).__name__}), пауза 30с", flush=True)
+            time.sleep(30)
+            continue
+
        if not ids:
            print("бакет закончился")
            break
@@ -138,46 +219,10 @@ def main() -> None:
        if not docs:
            continue

-        with conn.cursor() as cur:
-            # Документы: ON CONFLICT — повторный прогон не плодит дубли
-            rows = [
-                (d["ext_id"], "pmc", d["title"], d["doi"], d["year"], "en",
-                 d["journal"], d["text"][:2000])
-                for d in docs
-            ]
-            cur.executemany(
-                """INSERT INTO documents (ext_id, source, title, doi, year, lang, journal,
-                                          abstract, authors, indexed_at)
-                   VALUES (%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,'[]'::json, now())
-                   ON CONFLICT (ext_id) DO NOTHING""",
-                rows,
-            )
-            cur.execute("SELECT id, ext_id FROM documents WHERE ext_id = ANY(%s)",
-                        ([d["ext_id"] for d in docs],))
-            id_by_ext = {e: i for i, e in cur.fetchall()}
-
-            # Отпечатки: COPY вместо построчных INSERT — единственный способ
-            # писать миллиарды строк за разумное время
-            buf = io.StringIO()
-            fresh = 0
-            for d in docs:
-                doc_id = id_by_ext.get(d["ext_id"])
-                if doc_id is None:
-                    continue
-                cur.execute("SELECT 1 FROM fingerprints WHERE doc_id=%s LIMIT 1", (doc_id,))
-                if cur.fetchone():
-                    skipped += 1
-                    continue
-                hashes = list(winnow(d["text"]))[: args.fp_per_doc]
-                for pos, h in enumerate(hashes):
-                    buf.write(f"{doc_id}\t{h}\t{pos}\n")
-                fp_total += len(hashes)
-                fresh += 1
-            buf.seek(0)
-            if fresh:
-                cur.copy_from(buf, "fingerprints", columns=("doc_id", "hash_value", "position"))
-            added += fresh
-        conn.commit()
+        conn, n_added, n_skipped, n_fp = write_batch(conn, connect, docs, args.fp_per_doc)
+        added += n_added
+        skipped += n_skipped
+        fp_total += n_fp

        with open(args.state_file, "w") as fh:
            json.dump({"token": token}, fh)
@@ -194,7 +239,8 @@ def main() -> None:
    print(f"\nГотово за {el / 60:.1f} мин: залито {added}, пропущено {skipped}, "
          f"недоступно {failed}, отпечатков {fp_total:,}")
    if added:
-        print(f"темп: {added / el:.1f} статей/с → миллион за ~{1e6 / max(added / el, 0.01) / 3600:.0f} ч")
+        print(f"темп: {added / el:.1f} статей/с → "
+              f"миллион за ~{1e6 / max(added / el, 0.01) / 3600:.0f} ч")


 if __name__ == "__main__":