Отвечает на "неужели больше нет библиотек" — добавлен четвёртый источник.
PMC Open Access Subset (NCBI E-utilities) — крупнейший биомедицинский открытый
архив, бесплатный API без обязательного ключа (NCBI_API_KEY — опционально,
поднимает лимит 3→10 запросов/сек). В отличие от остальных источников отдаёт
РЕАЛЬНЫЙ полный текст статьи (bodyJATS XML) прямо в ответе efetch — 17-53К
символов на статью в проверке вживую, не аннотацию и не 700-символьный OCR-
фрагмент. Никаких новых зависимостей — xml.etree.ElementTree (stdlib) + httpx,
по образцу arxiv.py.
- scripts/parsers/pmc.py: esearch (open access[filter]) → efetch (батчи по 20,
JATS XML) → плоские словари → unified schema. Год-фильтр, свой User-Agent.
- Зарегистрирован в index.run_parser (services/worker-indexer/app/tasks/index.py)
и в CLI run_parser.py — доступен как source_type="pmc" наравне с остальными.
- 7 юнит-тестов на реальных JATS XML-фрагментах (без сети): извлечение полей,
фильтр contrib-type=author (не editor), пустой/битый XML, батч из 2 статей.
Рассмотрены и НЕ добавлены: Semantic Scholar (общий rate-limit исчерпан без
API-ключа, ключ — самостоятельная регистрация юзера) и CORE.ac.uk (обязателен
ключ). Google Scholar/ResearchGate — намеренно не трогаем, скрейпинг нарушает ToS.
Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>
Второй CI-гейт после тестов: ruff как статический анализатор всего Python-кода
(services + scripts). Раньше ни линта, ни проверки типов в CI не было вовсе.
Конфиг ruff.toml: правила E/F/W/I/UP/B/SIM/C4, line-length 100. Осознанно
выключены E501 (длину держит форматтер; длинные RU-комментарии — норма),
B008 (Depends()/Query() в дефолтах — идиома FastAPI, не баг) и UP042
((str, Enum)→StrEnum меняет __str__/сериализацию — не трогаем).
Починено под ноль находок:
- B904 (11): raise ... from exc / from None — читаемые цепочки исключений в
Celery-ретраях и HTTPException, ошибки обработки не маскируют исходные.
- SIM105 (5): try/except/pass → contextlib.suppress (faiss remove_ids, lsh.remove,
сброс кэша, ws-disconnect, парс года).
- C416/SIM108/B905/F841/UP035/UP017/F401/I001: dict(rows), тернарник, zip strict,
мёртвая переменная, устаревшие импорты, timezone.utc→UTC, чистка/сортировка.
Обвязка: scripts/run_lint.sh (ruff в изолированном python:3.11-slim), шаг «Линт»
в job test перед юнит-тестами (падаем раньше). make lint / make lint-fix.
Все 41 юнит-тест по-прежнему зелёные, изменённые файлы компилируются.
Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>
