Compare commits
15 Commits
39951d6a0f
...
main
| Author | SHA1 | Date | |
|---|---|---|---|
|
|
d137074ed5 | ||
|
|
9123844a87 | ||
|
|
263a521d63 | ||
|
|
7adccd0362 | ||
|
|
7348051c7b | ||
|
|
3d4fcecbb2 | ||
|
|
20c1d00443 | ||
|
|
5ceec1e2e3 | ||
|
|
d86bb606c7 | ||
|
|
d3106efeee | ||
|
|
eb2dee9093 | ||
|
|
a76e46c561 | ||
|
|
fed4b54cfc | ||
|
|
26de1b9de1 | ||
|
|
1b1ca3b7e3 |
@@ -152,6 +152,10 @@ services:
|
||||
depends_on:
|
||||
elasticsearch:
|
||||
condition: service_healthy
|
||||
# CORE не отвечает на ключ с российских адресов — парсер ходит через
|
||||
# sing-box (см. scripts/parsers/core.py)
|
||||
singbox-proxy:
|
||||
condition: service_started
|
||||
|
||||
worker-notifier:
|
||||
build:
|
||||
|
||||
@@ -78,7 +78,9 @@
|
||||
- **fingerprints** — `doc_id`, `hash_value` (BIGINT, Winnowing), `position` — для L1.
|
||||
- **usage_logs** — `user_id`, `action` — учёт лимитов по тарифу.
|
||||
- **parse_sources** — задания парсеров (админка): тип, query, годы, лимит, статус,
|
||||
`last_run_id` — ссылка на последний прогон.
|
||||
`last_run_id` — ссылка на последний прогон, `resume_token` — позиция
|
||||
продолжения для массовых источников (номер статьи в дампе, токен страницы
|
||||
бакета).
|
||||
- **parse_runs** — прогоны заливки: стадия, счётчики (`target/fetched/processed/
|
||||
added/duplicates/skipped/failed`), `cancel_requested`, `heartbeat_at`, журнал
|
||||
событий (JSON). Тайминги раздельные: `started_at` — постановка в очередь,
|
||||
@@ -119,10 +121,20 @@
|
||||
`app.bibliography.build_bibliography` (сортировка кириллица→латиница, нумерация,
|
||||
формат 7.1/7.0.5) → результат.
|
||||
|
||||
**Наполнение корпуса.** админка/CLI → `index.run_parser` (OpenAlex/arXiv/PMC/
|
||||
КиберЛенинка, фильтр `is_oa`) → `index.add_document` (дедуп по `ext_id`,
|
||||
fingerprints, MinHash, эмбеддинг) → `index.enrich_full_text` (скачать OA-PDF →
|
||||
MinIO → переиндексация). Ход заливки пишется в `parse_runs` (§12).
|
||||
**Наполнение корпуса.** админка → `index.run_parser` — один конвейер для всех
|
||||
источников, со шкалой, журналом и кнопкой остановки. Внутри два пути записи:
|
||||
|
||||
- *обычные источники* (OpenAlex/arXiv/PMC/КиберЛенинка, фильтр `is_oa`) —
|
||||
`index.add_document` на каждый документ: дедуп по `ext_id`, fingerprints,
|
||||
MinHash, Elasticsearch, эмбеддинг, затем `index.enrich_full_text` (скачать
|
||||
OA-PDF → MinIO → переиндексация);
|
||||
- *массовые источники* (`wikipedia_ru`, `pmc_bulk`) — парсер отдаёт генератор,
|
||||
запись идёт пачками через `COPY` (`app/bulk_writer.py`), позиция продолжения
|
||||
хранится в `parse_sources.resume_token`. Эмбеддинги там не считаются: они
|
||||
медленнее заливки на порядок и стали бы её узким местом, вектора
|
||||
досчитываются отдельно (§12).
|
||||
|
||||
Ход заливки в обоих случаях пишется в `parse_runs` (§12).
|
||||
Второй путь наполнения — ручная загрузка файлов админом: api сохраняет их в
|
||||
MinIO (`corpus-upload/`) → `index.ingest_upload` (извлечь текст → `add_document`,
|
||||
`source=manual_upload`). Это не проверка на плагиат: файл сразу становится
|
||||
@@ -202,6 +214,24 @@ Identity (Universal Auth) и генерирует `.env` заново (`infisica
|
||||
|
||||
## 11. Качество и тесты
|
||||
|
||||
**Замер качества детекции** — [`scripts/ops/detection_benchmark.py`](../scripts/ops/detection_benchmark.py).
|
||||
Делает из документов корпуса «студенческие работы» (дословная копия, лёгкий и
|
||||
сильный рерайт, плюс заведомо оригинальный текст) и прогоняет через настоящий
|
||||
путь L1. Первый замер, 05.09.2026:
|
||||
|
||||
| Случай | Доля найденных |
|
||||
|--------|---------------:|
|
||||
| дословно | 100% |
|
||||
| лёгкий рерайт (выброшено каждое 10-е слово) | 100% |
|
||||
| сильный рерайт (каждое 3-е слово) | 0% — задача L3/L4, не L1 |
|
||||
| оригинальный текст | 0% ложных обвинений |
|
||||
|
||||
Запускать после изменения порогов (`EXACT_FRAGMENT_THRESHOLD`), параметров
|
||||
winnowing и плотности отпечатков: без этих чисел непонятно, улучшение сделано
|
||||
или ухудшение. Ограничение замера: в выборку попадают только документы с
|
||||
реальной глубиной (>800 отпечатков) — по документам с одной аннотацией мерить
|
||||
нечего, и это само по себе показатель состояния корпуса.
|
||||
|
||||
- **113 юнит-тестов** (pytest, per-service) на чистую логику L1-L4/скоринг/фрагменты/
|
||||
ГОСТ/библиография; инфра замокана или не нужна. Запуск: `make test`.
|
||||
- **Гейты CI**: ruff (весь Python) + mypy (доменная логика) + тесты — блокируют деплой.
|
||||
@@ -211,8 +241,13 @@ Identity (Universal Auth) и генерирует `.env` заново (`infisica
|
||||
|
||||
## 12. Наблюдаемость и эксплуатация
|
||||
|
||||
- **Мониторинг**: `antiplag_monitor.py` (cron 5 мин, 7 сервисов, email-алерт при смене
|
||||
статуса). Опционально — Prometheus+Grafana (профиль `observability`, метрики API + Flower).
|
||||
- **Мониторинг**: [`scripts/ops/antiplag_monitor.py`](../scripts/ops/antiplag_monitor.py)
|
||||
(cron 5 мин на 1.32, email при смене статуса). Адреса берутся из прод-`.env`, а не
|
||||
зашиты в код: прежняя версия месяц проверяла остановленный CT 108 и не видела
|
||||
реального сервера эмбеддингов — постоянный ложный DOWN заглушал настоящие аварии.
|
||||
Проверяются в том числе **воркеры Celery**: живой брокер ещё не значит работающую
|
||||
систему (05.09 воркеры час простаивали при «зелёном» брокере).
|
||||
Опционально — Prometheus+Grafana (профиль `observability`, метрики API + Flower).
|
||||
- **Бэкапы**: `pg_dump→gzip→MinIO`, cron 03:00, ротация 14. Проверка восстановления —
|
||||
`scripts/ops/pg_restore_verify.sh`. HA/DR — [DR-HA.md](DR-HA.md).
|
||||
- **Шкала загрузки источников** (админка → «Источники»): каждый запуск создаёт строку
|
||||
|
||||
@@ -62,7 +62,7 @@
|
||||
|
||||
| Источник | Объём | Годен для массовой заливки |
|
||||
|----------|-------|----------------------------|
|
||||
| **Википедия ru** | дамп 5.6 ГБ, ~2 млн статей | **да** — `bulk_ingest_wikipedia_ru.py`, потоком без блокировок, ~919 отпечатков на статью. Требует осмысленный User-Agent, иначе 403 |
|
||||
| **Википедия ru** | дамп 5.6 ГБ, ~2 млн статей | **да** — тип источника `wikipedia_ru`, ~919 отпечатков на статью. Дамп качается заранее (Wikimedia отдаёт 403 без осмысленного User-Agent и рвёт долгие потоковые соединения) |
|
||||
| КиберЛенинка | ~3 млн статей | нет — блокирует выкачку PDF после ~130 запросов |
|
||||
| OpenAlex `language:ru` + OA | заявлено 395 410 | практически нет — по прямым `pdf_url` скачалось 2 из 10 (остальное 403 издателей), а метка языка ненадёжна: в выдаче попадаются англоязычные журналы |
|
||||
| eLIBRARY.RU (РИНЦ) | ~40 млн | только по договору, публичной выгрузки нет |
|
||||
@@ -72,19 +72,36 @@
|
||||
Википедия формально не научный источник, но студенты копируют из неё чаще всего,
|
||||
а по объёму связного русского текста ей нет альтернативы среди доступного.
|
||||
|
||||
### Массовая заливка: bulk вместо API
|
||||
### Массовые источники — тот же конвейер, что и обычные
|
||||
|
||||
Постраничные API дают 1-2 статьи в секунду и упираются в rate limit — миллионы
|
||||
так не залить. Для объёма есть `scripts/ops/bulk_ingest_pmc.py`: открытый бакет
|
||||
`pmc-oa-opendata` (ключ не нужен) отдаёт у каждой статьи готовый извлечённый
|
||||
текст. Проверено 31.08: 100 статей, 183 090 отпечатков — 1831 на статью, то есть
|
||||
настоящая глубина, а не аннотация.
|
||||
так не залить. Для объёма есть два типа источника, которые читают дамп или
|
||||
бакет потоком:
|
||||
|
||||
| Тип | Откуда | Особенность |
|
||||
|-----|--------|-------------|
|
||||
| `wikipedia_ru` | локальный дамп `scripts/parsers/ruwiki.xml.bz2` | позиция продолжения — номер статьи в дампе |
|
||||
| `pmc_bulk` | бакет `pmc-oa-opendata` (открыт, ключ не нужен) | позиция — токен страницы бакета; у каждой статьи готовый извлечённый текст |
|
||||
|
||||
Заводятся и запускаются они как любой другой источник — через админку, и точно
|
||||
так же показывают шкалу, журнал и кнопку остановки. Отличия внутри:
|
||||
|
||||
- парсер отдаёт **генератор**, а не список: миллионы статей в память не влезут;
|
||||
- запись идёт пачками через `COPY` (`worker-indexer/app/bulk_writer.py`) —
|
||||
построчная вставка даёт 6.7 тыс. строк/с против 21 тыс. у COPY, а миллион
|
||||
статей это ~2 млрд отпечатков;
|
||||
- **эмбеддинги при заливке не считаются**: они медленнее заливки и сделали бы её
|
||||
узким местом. L1 и L2 работают сразу, векторы досчитываются потом
|
||||
(`scripts/ops/reembed_missing.py`);
|
||||
- позиция продолжения хранится в `parse_sources.resume_token`, поэтому источник
|
||||
запускается повторно до исчерпания — каждый прогон берёт следующую порцию и
|
||||
укладывается в бюджет времени таска.
|
||||
|
||||
Планировать объём: 1 млн статей ≈ 2 млрд отпечатков ≈ 200 ГБ в базе с индексами.
|
||||
При таком росте индексы перестают помещаться в память сервера БД — проверено на
|
||||
практике: поиск L1 деградировал с 31 мс до 484 мс, пока не увеличили RAM и
|
||||
`shared_buffers` (см. DR-HA.md).
|
||||
|
||||
Ограничение по темпу: 0.3 статьи/с, миллион в один поток — около 40 суток.
|
||||
Скачивание тут не узкое место (12 статей/с в 12 потоков), упирается в
|
||||
последовательную обработку документа; для миллионов её надо распараллелить по
|
||||
ядрам воркера. Планировать объём: 1 млн статей ≈ 2.5 млрд отпечатков ≈ 400 ГБ
|
||||
в базе с индексами (сейчас 113 млн строк занимают 12 ГБ).
|
||||
## Что подготовлено
|
||||
|
||||
- **Парсер CyberLeninka починен** (`scripts/parsers/cyberleninka.py`): раньше слал GET
|
||||
|
||||
@@ -43,6 +43,7 @@ fi
|
||||
|
||||
REBUILD=""
|
||||
FRONTEND_CHANGED=0
|
||||
PARSERS_CHANGED=0
|
||||
if [ "$FULL" = 1 ]; then
|
||||
REBUILD="$ALL_BACKEND"
|
||||
FRONTEND_CHANGED=1
|
||||
@@ -51,6 +52,12 @@ else
|
||||
echo "$CHANGED" | grep -qE "^services/$svc/" && REBUILD="$REBUILD $svc"
|
||||
done
|
||||
echo "$CHANGED" | grep -qE '^services/frontend/' && FRONTEND_CHANGED=1
|
||||
# Парсеры не вшиты в образ, а смонтированы в worker-indexer (см. compose),
|
||||
# поэтому пересобирать нечего. Но процесс воркера держит модуль парсера в
|
||||
# памяти с прошлого прогона: без перезапуска правка молча не применяется —
|
||||
# заливка продолжает ходить по старому коду, и это не видно ниоткуда, кроме
|
||||
# тела запросов в логах. Ловилось на CORE 16.09.2026.
|
||||
echo "$CHANGED" | grep -qE '^scripts/parsers/' && PARSERS_CHANGED=1
|
||||
fi
|
||||
REBUILD="$(echo "$REBUILD" | xargs || true)"
|
||||
|
||||
@@ -111,6 +118,13 @@ echo "==> [4/6] Применение секретов к неизменивши
|
||||
# shellcheck disable=SC2086
|
||||
$COMPOSE up -d $ALL_BACKEND
|
||||
|
||||
# Правка парсера доезжает монтированием, но модуль уже загружен в память
|
||||
# воркера — перезапускаем, если образ и так не пересобирался выше.
|
||||
if [ "$PARSERS_CHANGED" = 1 ] && ! echo " $REBUILD " | grep -q " worker-indexer "; then
|
||||
echo "==> [4.5/6] Парсеры менялись — перезапуск worker-indexer"
|
||||
$COMPOSE restart worker-indexer
|
||||
fi
|
||||
|
||||
echo "==> [5/6] Миграции БД (с ретраем)"
|
||||
for i in $(seq 1 10); do
|
||||
$COMPOSE exec -T api alembic upgrade head && break
|
||||
|
||||
204
scripts/ops/antiplag_monitor.py
Normal file
204
scripts/ops/antiplag_monitor.py
Normal file
@@ -0,0 +1,204 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python3
|
||||
"""Health-монитор anti-plagiarism: письмо при СМЕНЕ статуса сервиса, без спама.
|
||||
|
||||
Запускается по cron на app-хосте (1.32) каждые 5 минут:
|
||||
*/5 * * * * /usr/bin/python3 /home/user/antiplag_monitor.py >> ~/.antiplag-monitor/run.log 2>&1
|
||||
|
||||
Живёт в репозитории намеренно: прошлая версия лежала только на сервере, ничем
|
||||
не версионировалась и месяц проверяла топологию, которой уже нет — вечный
|
||||
ложный DOWN на остановленном CT 108 и полная слепота к реальному серверу
|
||||
эмбеддингов. Постоянный ложный сигнал хуже отсутствия сигнала: на его фоне
|
||||
теряется настоящая авария.
|
||||
|
||||
Что проверяется и почему именно это:
|
||||
- API, PostgreSQL, Redis, RabbitMQ, MinIO, Elasticsearch — без них сервис не
|
||||
принимает и не обрабатывает работы;
|
||||
- Ollama на 1.40 — эмбеддинги для L3 (адрес брать из .env, а не хардкодить:
|
||||
он уже дважды переезжал);
|
||||
- воркеры Celery — самое важное дополнение: 05.09 брокер лежал час, воркеры
|
||||
молчали, а прежний монитор рапортовал, что всё хорошо, потому что смотрел
|
||||
только на TCP-порты.
|
||||
|
||||
OpenRouter (L4) намеренно не проверяется: это внешний сервис за VPN-прокси, его
|
||||
недоступность не ломает основную проверку — L4 лишь уточняет вердикт.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import json
|
||||
import os
|
||||
import smtplib
|
||||
import socket
|
||||
import ssl
|
||||
import subprocess
|
||||
import urllib.request
|
||||
from datetime import datetime
|
||||
from email.mime.text import MIMEText
|
||||
|
||||
APP_DIR = os.environ.get("APP_DIR", "/home/user/anti-plagiarism")
|
||||
STATE_FILE = os.path.expanduser("~/.antiplag-monitor/state.json")
|
||||
|
||||
SMTP_HOST, SMTP_PORT = "mail.jze9mail.ru", 587
|
||||
SMTP_USER = os.environ.get("MONITOR_SMTP_USER", "noreply")
|
||||
SMTP_PASS = os.environ.get("MONITOR_SMTP_PASS", "kGy3vgt6EuiUBMNDmV01Ng")
|
||||
SMTP_FROM = "noreply@jze9mail.ru"
|
||||
ALERT_TO = os.environ.get("MONITOR_ALERT_TO", "jze9programer@gmail.com")
|
||||
|
||||
|
||||
def env_value(key: str, default: str = "") -> str:
|
||||
"""Значение из прод-.env (он генерируется из Infisical на каждом деплое).
|
||||
|
||||
Адреса инфраструктуры читаем оттуда, а не хардкодим: сервер эмбеддингов уже
|
||||
переезжал дважды, и монитор каждый раз оставался со старым адресом.
|
||||
"""
|
||||
path = os.path.join(APP_DIR, ".env")
|
||||
try:
|
||||
with open(path, encoding="utf-8") as fh:
|
||||
for line in fh:
|
||||
line = line.strip()
|
||||
if line.startswith(f"{key}="):
|
||||
return line.split("=", 1)[1].strip().strip("'\"")
|
||||
except Exception:
|
||||
pass
|
||||
return default
|
||||
|
||||
|
||||
def host_port_from_url(url: str, default_port: int) -> tuple[str, int]:
|
||||
"""Разобрать URL в пару (host, port), отбросив логин с паролем.
|
||||
|
||||
В REDIS_URL и RABBITMQ_URL креды идут перед адресом
|
||||
(`redis://:пароль@host:port/0`), и без их отсечения разбор падает.
|
||||
"""
|
||||
rest = url.split("//", 1)[-1].split("/", 1)[0]
|
||||
rest = rest.rpartition("@")[2] or rest
|
||||
if ":" in rest:
|
||||
host, _, port = rest.partition(":")
|
||||
return host, int(port or default_port)
|
||||
return rest, default_port
|
||||
|
||||
|
||||
def check_tcp(host: str, port: int) -> bool:
|
||||
try:
|
||||
with socket.create_connection((host, port), timeout=5):
|
||||
return True
|
||||
except Exception:
|
||||
return False
|
||||
|
||||
|
||||
def check_http(url: str) -> bool:
|
||||
try:
|
||||
with urllib.request.urlopen(url, timeout=8) as r:
|
||||
return r.status == 200
|
||||
except Exception:
|
||||
return False
|
||||
|
||||
|
||||
def check_in_api_container(command: str) -> bool:
|
||||
"""Проверка изнутри контейнера — так же, как это видит приложение."""
|
||||
try:
|
||||
out = subprocess.run(
|
||||
["docker", "exec", "antiplagiator-api", "sh", "-c", command],
|
||||
capture_output=True, text=True, timeout=20,
|
||||
)
|
||||
return out.stdout.strip() == "200"
|
||||
except Exception:
|
||||
return False
|
||||
|
||||
|
||||
def check_celery_workers() -> bool:
|
||||
"""Отвечают ли воркеры на ping.
|
||||
|
||||
Живой брокер ещё не значит работающую систему: воркер может не суметь к
|
||||
нему подключиться и молча простаивать — именно так и было 05.09.
|
||||
"""
|
||||
try:
|
||||
out = subprocess.run(
|
||||
["docker", "exec", "antiplagiator-api", "python", "-c",
|
||||
"from app.core.celery_app import celery_app;"
|
||||
"print(len(celery_app.control.inspect(timeout=5).ping() or {}))"],
|
||||
capture_output=True, text=True, timeout=30,
|
||||
)
|
||||
return int(out.stdout.strip() or 0) >= 4 # api ждёт 4 воркера
|
||||
except Exception:
|
||||
return False
|
||||
|
||||
|
||||
def build_checks() -> list[tuple[str, callable]]:
|
||||
"""Список проверок; адреса — из прод-.env, чтобы не разъезжаться с реальностью."""
|
||||
pg_host = env_value("POSTGRES_HOST", "192.168.1.38")
|
||||
redis_host, redis_port = host_port_from_url(
|
||||
env_value("REDIS_URL", "redis://192.168.1.35:6379/0"), 6379)
|
||||
minio_host, minio_port = host_port_from_url(
|
||||
"http://" + env_value("MINIO_ENDPOINT", "192.168.1.21:9000"), 9000)
|
||||
ollama_url = env_value("OLLAMA_URL", "http://192.168.1.40:11434")
|
||||
|
||||
rabbit_host, rabbit_port = host_port_from_url(
|
||||
env_value("RABBITMQ_URL", "amqp://guest:guest@192.168.20.82:5672/"), 5672)
|
||||
|
||||
return [
|
||||
("API", lambda: check_http("http://localhost:8000/health")),
|
||||
("PostgreSQL", lambda: check_tcp(pg_host, 5432)),
|
||||
("Redis", lambda: check_tcp(redis_host, redis_port)),
|
||||
("RabbitMQ", lambda: check_tcp(rabbit_host, rabbit_port)),
|
||||
("MinIO", lambda: check_tcp(minio_host, minio_port)),
|
||||
("Elasticsearch", lambda: check_in_api_container(
|
||||
"curl -s -o /dev/null -w '%{http_code}' http://elasticsearch:9200")),
|
||||
("Embeddings", lambda: check_http(f"{ollama_url}/api/version")),
|
||||
("CeleryWorkers", check_celery_workers),
|
||||
]
|
||||
|
||||
|
||||
def send_alert(subject: str, body: str) -> None:
|
||||
msg = MIMEText(body, "plain", "utf-8")
|
||||
msg["Subject"] = subject
|
||||
msg["From"] = SMTP_FROM
|
||||
msg["To"] = ALERT_TO
|
||||
ctx = ssl.create_default_context()
|
||||
with smtplib.SMTP(SMTP_HOST, SMTP_PORT, timeout=25) as s:
|
||||
s.ehlo()
|
||||
s.starttls(context=ctx)
|
||||
s.ehlo()
|
||||
s.login(SMTP_USER, SMTP_PASS)
|
||||
s.send_message(msg)
|
||||
|
||||
|
||||
def main() -> None:
|
||||
results = {name: fn() for name, fn in build_checks()}
|
||||
|
||||
prev: dict = {}
|
||||
if os.path.exists(STATE_FILE):
|
||||
try:
|
||||
with open(STATE_FILE) as fh:
|
||||
prev = json.load(fh)
|
||||
except Exception:
|
||||
prev = {}
|
||||
|
||||
changes = []
|
||||
for name, ok in results.items():
|
||||
was = prev.get(name, True) # первый запуск считаем нормой
|
||||
if was and not ok:
|
||||
changes.append(f"УПАЛ: {name}")
|
||||
elif not was and ok:
|
||||
changes.append(f"восстановился: {name}")
|
||||
|
||||
if changes:
|
||||
ts = datetime.now().strftime("%Y-%m-%d %H:%M")
|
||||
status = "\n".join(f" {'OK ' if v else 'DOWN'} {k}" for k, v in results.items())
|
||||
body = (f"Изменения статуса сервисов anti-plagiarism ({ts}):\n\n"
|
||||
+ "\n".join(changes) + "\n\nТекущий статус:\n" + status)
|
||||
subject = f"[anti-plagiarism] {changes[0]}"
|
||||
if len(changes) > 1:
|
||||
subject += f" (+{len(changes) - 1})"
|
||||
try:
|
||||
send_alert(subject, body)
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f"не удалось отправить алерт: {e}")
|
||||
|
||||
os.makedirs(os.path.dirname(STATE_FILE), exist_ok=True)
|
||||
with open(STATE_FILE, "w") as fh:
|
||||
json.dump(results, fh)
|
||||
|
||||
line = " ".join(f"{k}={'OK' if v else 'DOWN'}" for k, v in results.items())
|
||||
print(datetime.now().strftime("%H:%M"), "|", line)
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
main()
|
||||
@@ -1,247 +0,0 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python3
|
||||
"""Массовая заливка полнотекстовых статей из открытого бакета PMC (миллионы).
|
||||
|
||||
Почему отдельный путь, а не парсеры и Celery: постраничный API даёт ~1-2 статьи
|
||||
в секунду и упирается в rate limit — миллионы так не залить. У AWS Open Data
|
||||
бакета `pmc-oa-opendata` (открыт, ключ не нужен) для каждой статьи лежит уже
|
||||
извлечённый текст `PMC*.txt` (33-130 КБ) и метаданные `PMC*.json`. Замер:
|
||||
12 статей/с в 10 потоков, то есть миллион — примерно за сутки.
|
||||
|
||||
Второе узкое место — запись отпечатков. Построчный INSERT даёт ~6.7 тыс. строк/с
|
||||
(миллион статей = 2.5 млрд строк = четверо суток только на вставку), поэтому
|
||||
здесь используется COPY: он на порядки быстрее и не гоняет данные через ORM.
|
||||
|
||||
Масштаб для планирования: 1 млн статей ≈ 2.5 млрд отпечатков ≈ 400 ГБ в БД
|
||||
с индексами. Плотность отпечатков ограничена --fp-per-doc (по умолчанию 2000
|
||||
вместо 20 000 из настроек воркера) — иначе объём растёт быстрее пользы.
|
||||
|
||||
Запуск (в контейнере worker-indexer, где есть psycopg2 и winnowing):
|
||||
cd /home/user/anti-plagiarism
|
||||
C="docker compose -f docker-compose.prod.yml exec -T worker-indexer python -"
|
||||
$C --limit 200 < scripts/ops/bulk_ingest_pmc.py # пробная порция
|
||||
$C --limit 100000 --workers 20 < scripts/ops/bulk_ingest_pmc.py
|
||||
|
||||
Идемпотентно: документы вставляются с ON CONFLICT DO NOTHING по ext_id, уже
|
||||
залитые пропускаются. Прогресс листинга сохраняется в --state-file, поэтому
|
||||
прерванная заливка продолжается с той же страницы бакета.
|
||||
|
||||
Проверено на проде: 1831 отпечаток на статью — реальная глубина, а не аннотация.
|
||||
Темп ~2 статьи/с в один поток (0.3 ст/с из первого замера были получены, когда
|
||||
база одновременно считала эмбеддинги). Скачивание не узкое место (12 статей/с в
|
||||
12 потоков), упирается в последовательную обработку документа — для миллионов
|
||||
её нужно распараллелить по ядрам воркера.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import argparse
|
||||
import contextlib
|
||||
import io
|
||||
import json
|
||||
import os
|
||||
import re
|
||||
import time
|
||||
from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor
|
||||
from urllib.parse import quote
|
||||
|
||||
BUCKET = "https://pmc-oa-opendata.s3.amazonaws.com"
|
||||
STATE_FILE = "/tmp/bulk_pmc_state.json"
|
||||
KEY_RE = re.compile(r"<Key>(PMC\d+\.\d+)/\1\.txt</Key>")
|
||||
TOKEN_RE = re.compile(r"<NextContinuationToken>([^<]+)</NextContinuationToken>")
|
||||
|
||||
|
||||
def list_articles(client, token: str | None, want: int) -> tuple[list[str], str | None]:
|
||||
"""Собрать id статей из листинга бакета, продолжая с сохранённой страницы."""
|
||||
ids: list[str] = []
|
||||
while len(ids) < want:
|
||||
url = f"{BUCKET}/?list-type=2&max-keys=1000"
|
||||
if token:
|
||||
# В токене бывают + и / — без экранирования S3 отвечает 400
|
||||
url += f"&continuation-token={quote(token, safe='')}"
|
||||
resp = client.get(url)
|
||||
resp.raise_for_status()
|
||||
ids.extend(KEY_RE.findall(resp.text))
|
||||
m = TOKEN_RE.search(resp.text)
|
||||
token = m.group(1) if m else None
|
||||
if token is None:
|
||||
break
|
||||
return ids[:want], token
|
||||
|
||||
|
||||
def fetch_one(client, art_id: str) -> dict | None:
|
||||
"""Текст статьи и её метаданные. None — если статья недоступна или пустая."""
|
||||
try:
|
||||
txt = client.get(f"{BUCKET}/{art_id}/{art_id}.txt")
|
||||
if txt.status_code != 200 or len(txt.text) < 1500:
|
||||
return None
|
||||
meta_resp = client.get(f"{BUCKET}/{art_id}/{art_id}.json")
|
||||
meta = meta_resp.json() if meta_resp.status_code == 200 else {}
|
||||
except Exception:
|
||||
return None
|
||||
|
||||
citation = meta.get("citation") or ""
|
||||
year = None
|
||||
m = re.search(r"\b(19|20)\d{2}\b", citation)
|
||||
if m:
|
||||
year = int(m.group(0))
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"ext_id": f"pmc:{meta.get('pmcid') or art_id.split('.')[0]}",
|
||||
"title": (meta.get("title") or art_id)[:1000],
|
||||
"doi": meta.get("doi"),
|
||||
"year": year,
|
||||
"journal": citation[:300] or None,
|
||||
"text": txt.text,
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
def write_batch(conn, connect, docs: list[dict], fp_limit: int) -> tuple:
|
||||
"""Записать пачку статей, пережив обрыв соединения с базой.
|
||||
|
||||
Прошлые прогоны умирали целиком от `server closed the connection`, теряя и
|
||||
позицию в бакете. Здесь обрыв стоит переподключения и повтора.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
(соединение, добавлено, пропущено, отпечатков) — соединение может быть
|
||||
новым, если пришлось переподключаться
|
||||
"""
|
||||
import psycopg2
|
||||
from app.algorithms.winnowing import sample_evenly, winnow_ordered
|
||||
|
||||
for attempt in range(1, 6):
|
||||
try:
|
||||
added = skipped = fp_count = 0
|
||||
with conn.cursor() as cur:
|
||||
# ON CONFLICT — повторный прогон не плодит дубли
|
||||
cur.executemany(
|
||||
"""INSERT INTO documents (ext_id, source, title, doi, year, lang, journal,
|
||||
abstract, authors, indexed_at)
|
||||
VALUES (%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,'[]'::json, now())
|
||||
ON CONFLICT (ext_id) DO NOTHING""",
|
||||
[(d["ext_id"], "pmc", d["title"], d["doi"], d["year"], "en",
|
||||
d["journal"], d["text"][:2000]) for d in docs],
|
||||
)
|
||||
cur.execute("SELECT id, ext_id FROM documents WHERE ext_id = ANY(%s)",
|
||||
([d["ext_id"] for d in docs],))
|
||||
id_by_ext = {e: i for i, e in cur.fetchall()}
|
||||
|
||||
# COPY вместо построчных INSERT — единственный способ писать
|
||||
# миллиарды строк за разумное время
|
||||
buf = io.StringIO()
|
||||
for d in docs:
|
||||
doc_id = id_by_ext.get(d["ext_id"])
|
||||
if doc_id is None:
|
||||
continue
|
||||
cur.execute("SELECT 1 FROM fingerprints WHERE doc_id=%s LIMIT 1", (doc_id,))
|
||||
if cur.fetchone():
|
||||
skipped += 1
|
||||
continue
|
||||
# Равномерно по тексту, а не первые N: иначе хвост статьи
|
||||
# остаётся без отпечатков
|
||||
hashes = sample_evenly(winnow_ordered(d["text"]), fp_limit)
|
||||
for pos, h in enumerate(hashes):
|
||||
buf.write(f"{doc_id}\t{h}\t{pos}\n")
|
||||
fp_count += len(hashes)
|
||||
added += 1
|
||||
buf.seek(0)
|
||||
if added:
|
||||
cur.copy_from(buf, "fingerprints",
|
||||
columns=("doc_id", "hash_value", "position"))
|
||||
conn.commit()
|
||||
return conn, added, skipped, fp_count
|
||||
|
||||
except psycopg2.OperationalError as e:
|
||||
wait = min(60, 5 * attempt)
|
||||
print(f" база недоступна ({str(e).strip()[:60]}), повтор через {wait}с "
|
||||
f"[{attempt}/5]", flush=True)
|
||||
time.sleep(wait)
|
||||
with contextlib.suppress(Exception):
|
||||
conn.close()
|
||||
with contextlib.suppress(Exception):
|
||||
conn = connect()
|
||||
|
||||
raise RuntimeError("не удалось записать пачку после 5 попыток")
|
||||
|
||||
|
||||
def main() -> None:
|
||||
ap = argparse.ArgumentParser(description=__doc__,
|
||||
formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter)
|
||||
ap.add_argument("--limit", type=int, default=200, help="сколько статей залить за прогон")
|
||||
ap.add_argument("--workers", type=int, default=10, help="потоков закачки (вежливо: 10-30)")
|
||||
ap.add_argument("--batch", type=int, default=200, help="статей в одной транзакции")
|
||||
ap.add_argument("--fp-per-doc", type=int, default=2000, help="максимум отпечатков на документ")
|
||||
ap.add_argument("--state-file", default=STATE_FILE, help="файл с позицией листинга")
|
||||
args = ap.parse_args()
|
||||
|
||||
import httpx
|
||||
import psycopg2
|
||||
from app.config import settings
|
||||
|
||||
token = None
|
||||
if os.path.exists(args.state_file):
|
||||
with open(args.state_file) as fh:
|
||||
token = json.load(fh).get("token")
|
||||
print("продолжаю листинг с сохранённой позиции")
|
||||
|
||||
client = httpx.Client(timeout=60,
|
||||
headers={"User-Agent": "AcademicHelper/1.0 (noreply@jze9.ru)"})
|
||||
|
||||
def connect():
|
||||
return psycopg2.connect(
|
||||
host=settings.POSTGRES_HOST, port=settings.POSTGRES_PORT,
|
||||
dbname=settings.POSTGRES_DB, user=settings.POSTGRES_USER,
|
||||
password=settings.POSTGRES_PASSWORD,
|
||||
)
|
||||
|
||||
conn = connect()
|
||||
added = skipped = failed = fp_total = done = 0
|
||||
t0 = time.time()
|
||||
|
||||
while done < args.limit:
|
||||
want = min(args.batch, args.limit - done)
|
||||
# Сеть у бакета иногда отваливается (прошлый прогон умер на таймауте
|
||||
# SSL-рукопожатия) — это стоит паузы, а не всей заливки
|
||||
try:
|
||||
ids, token = list_articles(client, token, want)
|
||||
except Exception as e:
|
||||
print(f" листинг не удался ({type(e).__name__}), пауза 30с", flush=True)
|
||||
time.sleep(30)
|
||||
continue
|
||||
|
||||
if not ids:
|
||||
print("бакет закончился")
|
||||
break
|
||||
done += len(ids)
|
||||
|
||||
with ThreadPoolExecutor(max_workers=args.workers) as pool:
|
||||
docs = [d for d in pool.map(lambda i: fetch_one(client, i), ids) if d]
|
||||
failed += len(ids) - len(docs)
|
||||
if not docs:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
conn, n_added, n_skipped, n_fp = write_batch(conn, connect, docs, args.fp_per_doc)
|
||||
added += n_added
|
||||
skipped += n_skipped
|
||||
fp_total += n_fp
|
||||
|
||||
with open(args.state_file, "w") as fh:
|
||||
json.dump({"token": token}, fh)
|
||||
|
||||
el = time.time() - t0
|
||||
print(f" {done}/{args.limit} · залито {added} · пропущено {skipped} · "
|
||||
f"недоступно {failed} · отпечатков {fp_total:,} · {added / max(el, 1):.1f} ст/с",
|
||||
flush=True)
|
||||
if token is None:
|
||||
break
|
||||
|
||||
conn.close()
|
||||
el = time.time() - t0
|
||||
print(f"\nГотово за {el / 60:.1f} мин: залито {added}, пропущено {skipped}, "
|
||||
f"недоступно {failed}, отпечатков {fp_total:,}")
|
||||
if added:
|
||||
print(f"темп: {added / el:.1f} статей/с → "
|
||||
f"миллион за ~{1e6 / max(added / el, 0.01) / 3600:.0f} ч")
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
main()
|
||||
@@ -1,269 +0,0 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python3
|
||||
"""Массовая заливка русской Википедии в корпус сравнения.
|
||||
|
||||
Зачем именно она: студенты копируют из Википедии чаще, чем из научных статей, а
|
||||
в корпусе её нет вовсе. При этом она единственный русскоязычный источник такого
|
||||
объёма, который отдаётся без блокировок — КиберЛенинка режет выкачку после ~130
|
||||
запросов, eLIBRARY требует договора. Дамп `ruwiki-latest-pages-articles.xml.bz2`
|
||||
(5.6 ГБ, ~2 млн статей) скачивается свободно.
|
||||
|
||||
Дамп не сохраняется на диск: читается потоком и распаковывается на лету —
|
||||
на app-хосте всего 22 ГБ свободно.
|
||||
|
||||
Что отбрасывается: перенаправления, служебные пространства имён (оставляем
|
||||
только статьи) и короткие тексты — для детекции нужен объём, а не заготовки.
|
||||
|
||||
Запуск (в контейнере worker-indexer):
|
||||
cd /home/user/anti-plagiarism
|
||||
C="docker compose -f docker-compose.prod.yml exec -T worker-indexer python -"
|
||||
$C --limit 100 < scripts/ops/bulk_ingest_wikipedia_ru.py # проба
|
||||
$C --limit 500000 < scripts/ops/bulk_ingest_wikipedia_ru.py # объём
|
||||
|
||||
Идемпотентно: ext_id вида `wikipedia_ru:<pageid>`, повторная заливка пропускает
|
||||
уже существующие статьи (ON CONFLICT DO NOTHING).
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import argparse
|
||||
import bz2
|
||||
import contextlib
|
||||
import io
|
||||
import json
|
||||
import os
|
||||
import re
|
||||
import time
|
||||
|
||||
DUMP_URL = "https://dumps.wikimedia.org/ruwiki/latest/ruwiki-latest-pages-articles.xml.bz2"
|
||||
PAGE_RE = re.compile(r"<page>(.*?)</page>", re.DOTALL)
|
||||
TITLE_RE = re.compile(r"<title>(.*?)</title>", re.DOTALL)
|
||||
ID_RE = re.compile(r"<id>(\d+)</id>")
|
||||
NS_RE = re.compile(r"<ns>(\d+)</ns>")
|
||||
TEXT_RE = re.compile(r'<text[^>]*>(.*?)</text>', re.DOTALL)
|
||||
REDIRECT_RE = re.compile(r"<redirect ")
|
||||
|
||||
# Разметку чистим регулярками: для отпечатков нужен связный текст, а не точное
|
||||
# восстановление вёрстки — полноценный парсер вики-разметки тут неоправдан
|
||||
CLEAN_RULES = [
|
||||
(re.compile(r"\{\{[^{}]*\}\}"), " "), # шаблоны (в несколько проходов)
|
||||
(re.compile(r"\[\[[^\]|]*\|"), ""), # [[ссылка|текст → текст
|
||||
(re.compile(r"\[\[|\]\]"), ""), # остатки скобок
|
||||
(re.compile(r"<ref[^>]*>.*?</ref>", re.DOTALL), " "),
|
||||
(re.compile(r"<[^>]+>"), " "), # html-теги
|
||||
(re.compile(r"^[*#:;|!].*$", re.MULTILINE), " "), # списки и таблицы
|
||||
(re.compile(r"^=+.*?=+$", re.MULTILINE), " "), # == заголовки разделов ==
|
||||
(re.compile(r"'{2,}"), ""), # ''курсив''
|
||||
(re.compile(r"&[a-z]+;"), " "),
|
||||
(re.compile(r"[ \t]+"), " "),
|
||||
(re.compile(r"\n{2,}"), "\n"),
|
||||
]
|
||||
|
||||
|
||||
def clean_wikitext(raw: str) -> str:
|
||||
text = raw
|
||||
for _ in range(3): # шаблоны бывают вложенными
|
||||
text = CLEAN_RULES[0][0].sub(CLEAN_RULES[0][1], text)
|
||||
for rx, repl in CLEAN_RULES[1:]:
|
||||
text = rx.sub(repl, text)
|
||||
return text.strip()
|
||||
|
||||
|
||||
def _pages_from_chunks(chunks, min_chars: int):
|
||||
"""Разобрать поток распакованного XML на статьи основного пространства имён."""
|
||||
buf = ""
|
||||
for raw in chunks:
|
||||
buf += raw.decode("utf-8", errors="replace")
|
||||
|
||||
while True:
|
||||
m = PAGE_RE.search(buf)
|
||||
if not m:
|
||||
break
|
||||
page, buf = m.group(1), buf[m.end():]
|
||||
|
||||
if REDIRECT_RE.search(page):
|
||||
continue
|
||||
ns = NS_RE.search(page)
|
||||
if not ns or ns.group(1) != "0": # только статьи
|
||||
continue
|
||||
tm, im, xm = TITLE_RE.search(page), ID_RE.search(page), TEXT_RE.search(page)
|
||||
if not (tm and im and xm):
|
||||
continue
|
||||
text = clean_wikitext(xm.group(1))
|
||||
if len(text) < min_chars:
|
||||
continue
|
||||
yield im.group(1), tm.group(1), text
|
||||
|
||||
if len(buf) > 20 * 1024 * 1024: # страховка от разбухания
|
||||
buf = buf[-1024 * 1024:]
|
||||
|
||||
|
||||
def iter_pages(min_chars: int, dump_file: str | None):
|
||||
"""Статьи из локального дампа либо, если файла нет, прямо из сети.
|
||||
|
||||
Локальный файл предпочтителен: Wikimedia рвёт долгие потоковые соединения
|
||||
(проверено — обрыв на 32 МБ из 5.9 ГБ), а скачать файл можно с докачкой
|
||||
(`curl -C -`) и потом читать сколько угодно.
|
||||
"""
|
||||
decomp = bz2.BZ2Decompressor()
|
||||
|
||||
if dump_file:
|
||||
def chunks():
|
||||
with open(dump_file, "rb") as fh:
|
||||
while True:
|
||||
part = fh.read(4 * 1024 * 1024)
|
||||
if not part:
|
||||
return
|
||||
try:
|
||||
yield decomp.decompress(part)
|
||||
except EOFError:
|
||||
return
|
||||
yield from _pages_from_chunks(chunks(), min_chars)
|
||||
return
|
||||
|
||||
import httpx
|
||||
|
||||
# Wikimedia отдаёт 403 без осмысленного User-Agent — по их правилам он должен
|
||||
# называть приложение и давать контакт
|
||||
headers = {"User-Agent": "AcademicHelper/1.0 (https://academic.jze9.ru; noreply@jze9.ru)"}
|
||||
|
||||
def net_chunks():
|
||||
with httpx.stream("GET", DUMP_URL, timeout=120, follow_redirects=True,
|
||||
headers=headers) as resp:
|
||||
resp.raise_for_status()
|
||||
for chunk in resp.iter_bytes(4 * 1024 * 1024):
|
||||
try:
|
||||
yield decomp.decompress(chunk)
|
||||
except EOFError:
|
||||
return
|
||||
|
||||
yield from _pages_from_chunks(net_chunks(), min_chars)
|
||||
|
||||
|
||||
def main() -> None:
|
||||
ap = argparse.ArgumentParser(description=__doc__,
|
||||
formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter)
|
||||
ap.add_argument("--limit", type=int, default=100, help="сколько статей залить")
|
||||
ap.add_argument("--batch", type=int, default=150, help="статей в транзакции")
|
||||
ap.add_argument("--min-chars", type=int, default=2000, help="минимальная длина текста")
|
||||
ap.add_argument("--fp-per-doc", type=int, default=2000, help="максимум отпечатков на статью")
|
||||
ap.add_argument("--dump-file", default=None,
|
||||
help="путь к заранее скачанному дампу (надёжнее, чем читать из сети)")
|
||||
ap.add_argument("--state-file", default="/tmp/bulk_wiki_state.json",
|
||||
help="файл с числом уже обработанных статей — для продолжения после сбоя")
|
||||
args = ap.parse_args()
|
||||
|
||||
import psycopg2
|
||||
from app.algorithms.winnowing import sample_evenly, winnow_ordered
|
||||
from app.config import settings
|
||||
|
||||
def connect():
|
||||
return psycopg2.connect(
|
||||
host=settings.POSTGRES_HOST, port=settings.POSTGRES_PORT,
|
||||
dbname=settings.POSTGRES_DB, user=settings.POSTGRES_USER,
|
||||
password=settings.POSTGRES_PASSWORD,
|
||||
)
|
||||
|
||||
conn = connect()
|
||||
added = skipped = 0
|
||||
fp_total = 0
|
||||
seen = 0 # сколько статей прошло через парсер (позиция в дампе)
|
||||
t0 = time.time()
|
||||
batch: list[tuple[str, str, str]] = []
|
||||
|
||||
# Позиция в дампе: прошлый прогон обрывался на 20 008 статье и начинал всё
|
||||
# сначала — дедуп по ext_id спасал от дублей, но время тратилось впустую
|
||||
skip_until = 0
|
||||
if os.path.exists(args.state_file):
|
||||
with open(args.state_file) as fh:
|
||||
skip_until = json.load(fh).get("processed", 0)
|
||||
if skip_until:
|
||||
print(f"продолжаю с {skip_until}-й статьи дампа")
|
||||
|
||||
def _flush_once(batch):
|
||||
"""Одна попытка записать пачку; счётчики трогает только при успехе."""
|
||||
nonlocal added, skipped, fp_total
|
||||
with conn.cursor() as cur:
|
||||
cur.executemany(
|
||||
"""INSERT INTO documents (ext_id, source, title, lang, abstract, url,
|
||||
authors, indexed_at)
|
||||
VALUES (%s, 'wikipedia_ru', %s, 'ru', %s, %s, '[]'::json, now())
|
||||
ON CONFLICT (ext_id) DO NOTHING""",
|
||||
[(f"wikipedia_ru:{pid}", title[:1000], text[:2000],
|
||||
f"https://ru.wikipedia.org/?curid={pid}") for pid, title, text in batch],
|
||||
)
|
||||
cur.execute("SELECT id, ext_id FROM documents WHERE ext_id = ANY(%s)",
|
||||
([f"wikipedia_ru:{pid}" for pid, _, _ in batch],))
|
||||
id_by_ext = {e: i for i, e in cur.fetchall()}
|
||||
|
||||
buf = io.StringIO()
|
||||
fresh = 0
|
||||
for pid, _, text in batch:
|
||||
doc_id = id_by_ext.get(f"wikipedia_ru:{pid}")
|
||||
if doc_id is None:
|
||||
continue
|
||||
cur.execute("SELECT 1 FROM fingerprints WHERE doc_id=%s LIMIT 1", (doc_id,))
|
||||
if cur.fetchone():
|
||||
skipped += 1
|
||||
continue
|
||||
# Равномерно по тексту, а не первые N: обрезка «с начала»
|
||||
# оставляла бы хвост статьи без отпечатков
|
||||
hashes = sample_evenly(winnow_ordered(text), args.fp_per_doc)
|
||||
for pos, h in enumerate(hashes):
|
||||
buf.write(f"{doc_id}\t{h}\t{pos}\n")
|
||||
fp_total += len(hashes)
|
||||
fresh += 1
|
||||
buf.seek(0)
|
||||
if fresh:
|
||||
cur.copy_from(buf, "fingerprints", columns=("doc_id", "hash_value", "position"))
|
||||
added += fresh
|
||||
conn.commit()
|
||||
|
||||
def flush(batch):
|
||||
"""Записать пачку, пережив обрыв соединения с базой.
|
||||
|
||||
Прошлый прогон умер целиком на `server closed the connection` — потеряв
|
||||
и позицию в дампе. Здесь обрыв стоит переподключения и повтора.
|
||||
"""
|
||||
nonlocal conn
|
||||
if not batch:
|
||||
return
|
||||
for attempt in range(1, 6):
|
||||
try:
|
||||
_flush_once(batch)
|
||||
return
|
||||
except psycopg2.OperationalError as e:
|
||||
wait = min(60, 5 * attempt)
|
||||
print(f" база недоступна ({str(e).strip()[:60]}), повтор через {wait}с "
|
||||
f"[{attempt}/5]", flush=True)
|
||||
time.sleep(wait)
|
||||
with contextlib.suppress(Exception):
|
||||
conn.close()
|
||||
try:
|
||||
conn = connect()
|
||||
except Exception:
|
||||
continue
|
||||
raise RuntimeError("не удалось записать пачку после 5 попыток")
|
||||
|
||||
for pid, title, text in iter_pages(args.min_chars, args.dump_file):
|
||||
seen += 1
|
||||
if seen <= skip_until: # быстро проматываем уже обработанное
|
||||
continue
|
||||
batch.append((pid, title, text))
|
||||
if len(batch) >= args.batch:
|
||||
flush(batch)
|
||||
batch = []
|
||||
with open(args.state_file, "w") as fh:
|
||||
json.dump({"processed": seen}, fh)
|
||||
el = time.time() - t0
|
||||
print(f" залито {added} · пропущено {skipped} · отпечатков {fp_total:,} · "
|
||||
f"{added / max(el, 1):.1f} ст/с", flush=True)
|
||||
if added >= args.limit:
|
||||
break
|
||||
flush(batch)
|
||||
conn.close()
|
||||
|
||||
el = time.time() - t0
|
||||
print(f"\nГотово за {el / 60:.1f} мин: залито {added}, пропущено {skipped}, "
|
||||
f"отпечатков {fp_total:,}")
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
main()
|
||||
180
scripts/ops/detection_benchmark.py
Normal file
180
scripts/ops/detection_benchmark.py
Normal file
@@ -0,0 +1,180 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python3
|
||||
"""Замер качества детекции на реальном корпусе: что находим и что выдумываем.
|
||||
|
||||
Зачем: до сих пор о качестве проверки мы знали только «механизм жив» — находит
|
||||
подброшенный фрагмент. Этого мало. Продукт продаёт процент заимствований, и
|
||||
нужно знать две вещи: сколько списываний система пропускает (полнота) и как
|
||||
часто обвиняет невиновных (точность). Без этих чисел непонятно, что улучшать —
|
||||
пороги, глубину корпуса или алгоритм.
|
||||
|
||||
Как устроен замер. Берём документы из самого корпуса и делаем из них
|
||||
«студенческие работы» четырёх видов:
|
||||
|
||||
дословно — фрагмент скопирован как есть (обязан находиться);
|
||||
лёгкий рерайт — выброшено каждое 10-е слово (обязан находиться);
|
||||
сильный рерайт— выброшено каждое 3-е слово (L1 не обязан; это работа L3/L4);
|
||||
оригинал — текст, которого в корпусе нет (обязан НЕ находиться).
|
||||
|
||||
Считается путь L1 — тот же, что в index.extract_and_check: фрагментация,
|
||||
winnowing по каждому фрагменту, поиск по отпечаткам с порогом
|
||||
EXACT_FRAGMENT_THRESHOLD. Уровни L3/L4 сюда не входят намеренно: они требуют
|
||||
GPU-воркера и на порядок медленнее, а мерить нужно в первую очередь основу.
|
||||
|
||||
Запуск (в контейнере worker-indexer):
|
||||
cd /home/user/anti-plagiarism
|
||||
docker compose -f docker-compose.prod.yml exec -T worker-indexer python - \\
|
||||
< scripts/ops/detection_benchmark.py
|
||||
... python - --docs 40 < scripts/ops/detection_benchmark.py
|
||||
|
||||
Ничего не пишет в базу — только читает.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import argparse
|
||||
import random
|
||||
|
||||
|
||||
def make_cases(text: str, words_taken: int) -> dict[str, str]:
|
||||
"""Сделать из текста источника четыре «студенческие работы»."""
|
||||
words = text.split()
|
||||
start = len(words) // 3
|
||||
chunk = words[start : start + words_taken]
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"дословно": " ".join(chunk),
|
||||
"лёгкий рерайт": " ".join(w for i, w in enumerate(chunk) if i % 10),
|
||||
"сильный рерайт": " ".join(w for i, w in enumerate(chunk) if i % 3),
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def original_text(rnd: random.Random, words_taken: int) -> str:
|
||||
"""Текст, которого заведомо нет в корпусе — проверка на ложные обвинения."""
|
||||
topics = [
|
||||
"вчера вечером я варил гречку с грибами и вспоминал поездку на озеро",
|
||||
"мой сосед купил подержанный велосипед и красит его в оранжевый цвет",
|
||||
"бабушка печёт пироги с капустой по субботам и зовёт всех соседей",
|
||||
"кот запрыгнул на подоконник и уронил горшок с геранью на пол",
|
||||
"в субботу мы чинили забор и обсуждали цены на доски и гвозди",
|
||||
]
|
||||
out: list[str] = []
|
||||
while len(out) < words_taken:
|
||||
out.extend(rnd.choice(topics).split())
|
||||
return " ".join(out[:words_taken])
|
||||
|
||||
|
||||
def main() -> None:
|
||||
ap = argparse.ArgumentParser(description=__doc__,
|
||||
formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter)
|
||||
ap.add_argument("--docs", type=int, default=25, help="сколько документов взять для замера")
|
||||
ap.add_argument("--words", type=int, default=400, help="сколько слов «списывать»")
|
||||
ap.add_argument("--seed", type=int, default=20260905, help="зерно случайности (для повторяемости)")
|
||||
args = ap.parse_args()
|
||||
|
||||
from app.algorithms.winnowing import winnow
|
||||
from app.config import settings
|
||||
from app.db import db_session, get_minio
|
||||
from app.fragments import split_into_fragments
|
||||
from app.models import Document, Fingerprint
|
||||
from sqlalchemy import func, select
|
||||
from sqlalchemy import text as sql_text
|
||||
|
||||
rnd = random.Random(args.seed)
|
||||
|
||||
# Берём документы с реальной глубиной: по аннотации в 30 отпечатков мерить
|
||||
# нечего, и такой замер сказал бы больше о корпусе, чем об алгоритме
|
||||
with db_session() as s:
|
||||
rows = s.execute(sql_text("""
|
||||
SELECT d.id, d.source, d.minio_key, d.abstract
|
||||
FROM documents d
|
||||
JOIN (SELECT doc_id, count(*) c FROM fingerprints
|
||||
GROUP BY doc_id HAVING count(*) > 800) f ON f.doc_id = d.id
|
||||
WHERE d.source <> 'user_submission'
|
||||
ORDER BY random() LIMIT :n
|
||||
"""), {"n": args.docs}).all()
|
||||
|
||||
print(f"документов в замере: {len(rows)}, «списываем» по {args.words} слов")
|
||||
print(f"порог срабатывания фрагмента: {settings.EXACT_FRAGMENT_THRESHOLD}%\n")
|
||||
|
||||
def find_source(work_text: str) -> set[int]:
|
||||
"""Прогнать «работу» через L1 и вернуть найденные документы-источники."""
|
||||
found: set[int] = set()
|
||||
frags = split_into_fragments(
|
||||
work_text,
|
||||
window=settings.FRAGMENT_WINDOW_WORDS,
|
||||
overlap=settings.FRAGMENT_OVERLAP_WORDS,
|
||||
)
|
||||
with db_session() as s:
|
||||
for frag in frags:
|
||||
fp = winnow(frag["text"])
|
||||
if not fp:
|
||||
continue
|
||||
hit = s.execute(
|
||||
select(Fingerprint.doc_id, func.count(Fingerprint.id).label("c"))
|
||||
.join(Document, Document.id == Fingerprint.doc_id)
|
||||
.where(
|
||||
Fingerprint.hash_value.in_(list(fp)),
|
||||
Document.source != "user_submission",
|
||||
)
|
||||
.group_by(Fingerprint.doc_id)
|
||||
.order_by(func.count(Fingerprint.id).desc())
|
||||
.limit(1)
|
||||
).first()
|
||||
if hit and hit[1] / len(fp) * 100 >= settings.EXACT_FRAGMENT_THRESHOLD:
|
||||
found.add(hit[0])
|
||||
return found
|
||||
|
||||
stats: dict[str, dict[str, int]] = {}
|
||||
minio = get_minio()
|
||||
|
||||
for doc_id, _source, minio_key, abstract in rows:
|
||||
# Полный текст, если он сохранён; иначе то, что есть в базе
|
||||
body = abstract or ""
|
||||
if minio_key:
|
||||
try:
|
||||
obj = minio.get_object(settings.MINIO_BUCKET_DOCS, minio_key)
|
||||
body = obj.read().decode("utf-8", errors="replace")
|
||||
obj.close()
|
||||
obj.release_conn()
|
||||
except Exception:
|
||||
pass
|
||||
if len(body.split()) < args.words * 2:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
for case_name, work in make_cases(body, args.words).items():
|
||||
found = find_source(work)
|
||||
bucket = stats.setdefault(case_name, {"всего": 0, "нашли верно": 0, "не нашли": 0})
|
||||
bucket["всего"] += 1
|
||||
if doc_id in found:
|
||||
bucket["нашли верно"] += 1
|
||||
else:
|
||||
bucket["не нашли"] += 1
|
||||
|
||||
# Контроль на ложные обвинения
|
||||
found = find_source(original_text(rnd, args.words))
|
||||
bucket = stats.setdefault("оригинал", {"всего": 0, "ложно обвинён": 0, "чисто": 0})
|
||||
bucket["всего"] += 1
|
||||
if found:
|
||||
bucket["ложно обвинён"] += 1
|
||||
else:
|
||||
bucket["чисто"] += 1
|
||||
|
||||
print(f"{'случай':16} {'всего':>6} {'найден':>8} {'пропущен':>10} доля найденных")
|
||||
for case in ("дословно", "лёгкий рерайт", "сильный рерайт"):
|
||||
b = stats.get(case)
|
||||
if not b:
|
||||
continue
|
||||
share = b["нашли верно"] / b["всего"] * 100 if b["всего"] else 0
|
||||
print(f"{case:16} {b['всего']:>6} {b['нашли верно']:>8} {b['не нашли']:>10} {share:5.1f}%")
|
||||
|
||||
b = stats.get("оригинал")
|
||||
if b:
|
||||
fp_rate = b["ложно обвинён"] / b["всего"] * 100 if b["всего"] else 0
|
||||
print(f"\nоригинальные тексты: {b['всего']}, ложных обвинений {b['ложно обвинён']} "
|
||||
f"({fp_rate:.1f}%)")
|
||||
|
||||
print("\nЧитать так: «дословно» и «лёгкий рерайт» — обязанность L1, доля должна быть "
|
||||
"близка к 100%. «Сильный рерайт» L1 брать не обязан, это работа L3/L4. "
|
||||
"Ложные обвинения должны быть нулевыми.")
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
main()
|
||||
160
scripts/ops/keep_ingesting.py
Executable file
160
scripts/ops/keep_ingesting.py
Executable file
@@ -0,0 +1,160 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python3
|
||||
"""Держать массовую заливку идущей: перезапускать источники, когда они закончили.
|
||||
|
||||
Массовый источник за один прогон берёт столько статей, сколько влезает в бюджет
|
||||
времени таска, сохраняет позицию и останавливается. Без внешнего толчка заливка
|
||||
идёт рывками — ровно столько, сколько раз кто-то нажмёт «Запустить». Этот скрипт
|
||||
и есть толчок: раз в несколько минут проверяет, не простаивает ли источник, и
|
||||
запускает следующую порцию.
|
||||
|
||||
Ставится в cron на app-хосте:
|
||||
*/5 * * * * cd /home/user/anti-plagiarism && /usr/bin/docker compose \
|
||||
-f docker-compose.prod.yml exec -T worker-indexer python - \
|
||||
< scripts/ops/keep_ingesting.py >> ~/.antiplag-monitor/ingest.log 2>&1
|
||||
|
||||
Останавливается сам, когда источник исчерпан: парсер перестаёт отдавать статьи,
|
||||
прогон закрывается с нулём добавленных, и скрипт больше его не трогает
|
||||
(--stop-when-empty, по умолчанию включено).
|
||||
|
||||
Перед подсчётом «занято ли» снимает зависшие прогоны: если worker-indexer упал
|
||||
или перезапустился, прогон навсегда остаётся в статусе running с замолчавшим
|
||||
heartbeat — без этой чистки сторож видит «занято» бесконечно и не запускает
|
||||
вообще ничего, для всех источников сразу (порог тот же, что и в панели
|
||||
отладки — services/api/app/api/admin.py, stale_cutoff).
|
||||
|
||||
Молчащий heartbeat сам по себе ещё не значит «мёртв»: пачка COPY на большой
|
||||
базе идёт десятки минут без единого тика. Поэтому прогон снимается, только
|
||||
если его таска нет среди выполняющихся на воркерах queue.index; не ответил
|
||||
хоть один такой воркер — не снимается ничего. Иначе сторож снимал живой
|
||||
медленный прогон и тут же запускал его дубль по тем же статьям.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import argparse
|
||||
|
||||
BULK_TYPES = ("wikipedia_ru", "pmc_bulk", "core")
|
||||
STALE_MINUTES = 10
|
||||
|
||||
|
||||
def live_task_ids(celery_app) -> set[str] | None:
|
||||
"""ID тасков, выполняющихся на воркерах queue.index; None — кто-то из них не ответил."""
|
||||
queues = celery_app.control.inspect(timeout=10).active_queues() or {}
|
||||
workers = [w for w, qs in queues.items() if any(q["name"] == "queue.index" for q in qs)]
|
||||
if not workers:
|
||||
return None
|
||||
active = celery_app.control.inspect(destination=workers, timeout=10).active()
|
||||
if not active or set(active) != set(workers):
|
||||
return None
|
||||
return {t["id"] for tasks in active.values() for t in tasks}
|
||||
|
||||
|
||||
def main() -> None:
|
||||
ap = argparse.ArgumentParser(description=__doc__,
|
||||
formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter)
|
||||
ap.add_argument("--types", default=",".join(BULK_TYPES),
|
||||
help="типы источников через запятую")
|
||||
ap.add_argument("--keep-going-empty", action="store_true",
|
||||
help="запускать даже если прошлый прогон ничего не добавил")
|
||||
args = ap.parse_args()
|
||||
|
||||
from app.celery_app import celery_app
|
||||
from app.db import db_session
|
||||
from app.models import ParseRun, ParseSource
|
||||
from sqlalchemy import text
|
||||
|
||||
types = tuple(t.strip() for t in args.types.split(",") if t.strip())
|
||||
|
||||
live = live_task_ids(celery_app)
|
||||
|
||||
with db_session() as s:
|
||||
if live is None:
|
||||
print("воркеры queue.index не ответили — живость прогонов не проверить, не снимаю")
|
||||
reaped = []
|
||||
else:
|
||||
reaped = s.execute(text(f"""
|
||||
UPDATE parse_runs SET status='error', stage='finished',
|
||||
error='зависший прогон снят автоматически: таск не выполняется, heartbeat молчал дольше {STALE_MINUTES} минут',
|
||||
finished_at=now()
|
||||
WHERE status='running'
|
||||
AND (heartbeat_at IS NULL OR heartbeat_at < now() - interval '{STALE_MINUTES} minutes')
|
||||
AND (celery_task_id IS NULL OR NOT (celery_task_id = ANY(CAST(:live AS text[]))))
|
||||
RETURNING id, source_id
|
||||
"""), {"live": sorted(live)}).all()
|
||||
# queued без heartbeat — тот же зомби другого вида: send_task не дошёл
|
||||
# или упал между двумя commit при постановке в очередь (celery_task_id
|
||||
# так и остался пустым), воркер о такой задаче никогда не узнает
|
||||
reaped += s.execute(text(f"""
|
||||
UPDATE parse_runs SET status='error', stage='finished',
|
||||
error='зависший прогон снят автоматически: висел в очереди дольше {STALE_MINUTES} минут',
|
||||
finished_at=now()
|
||||
WHERE status='queued'
|
||||
AND celery_task_id IS NULL
|
||||
AND started_at < now() - interval '{STALE_MINUTES} minutes'
|
||||
RETURNING id, source_id
|
||||
""")).all()
|
||||
if reaped:
|
||||
for source_id in {row.source_id for row in reaped}:
|
||||
s.execute(text("""
|
||||
UPDATE parse_sources SET last_status='error',
|
||||
last_error='зависший прогон снят автоматически'
|
||||
WHERE id=:sid AND last_status='running'
|
||||
"""), {"sid": source_id})
|
||||
s.commit()
|
||||
print(f"снято зависших прогонов: {len(reaped)} ({', '.join(str(r.id) for r in reaped)})")
|
||||
|
||||
active = s.execute(text(
|
||||
"SELECT count(*) FROM parse_runs WHERE status IN ('queued','running')"
|
||||
)).scalar_one()
|
||||
if active:
|
||||
print(f"уже идёт прогонов: {active} — ждём")
|
||||
return
|
||||
|
||||
sources = s.execute(text("""
|
||||
SELECT id, source_type, last_run_id FROM parse_sources
|
||||
WHERE enabled AND source_type = ANY(:types) ORDER BY id
|
||||
"""), {"types": list(types)}).all()
|
||||
|
||||
started = []
|
||||
for source_id, source_type, last_run_id in sources:
|
||||
# Источник исчерпан, если прогоны перестали добавлять статьи: дальше
|
||||
# в дампе/бакете/выдаче для нас ничего нет.
|
||||
#
|
||||
# Но ОДИН пустой прогон — ещё не приговор: ровно так же выглядят
|
||||
# обрыв связи с API и прогон на устаревшем коде парсера. На CORE
|
||||
# 16.09.2026 из-за этого источник был помечен исчерпанным после
|
||||
# единственной неудачи и больше не запускался — молча, без ошибки.
|
||||
# Поэтому ждём два пустых прогона подряд: разовый сбой переживём,
|
||||
# а реально кончившийся источник остановится всего на один прогон
|
||||
# позже.
|
||||
if last_run_id and not args.keep_going_empty:
|
||||
last_two = s.execute(text("""
|
||||
SELECT status, added, fetched FROM parse_runs
|
||||
WHERE source_id = :sid ORDER BY id DESC LIMIT 2
|
||||
"""), {"sid": source_id}).all()
|
||||
if len(last_two) == 2 and all(
|
||||
r.status == "done" and r.added == 0 and r.fetched == 0 for r in last_two
|
||||
):
|
||||
print(f"{source_type}: источник исчерпан (два пустых прогона), пропускаем")
|
||||
continue
|
||||
|
||||
src = s.get(ParseSource, source_id)
|
||||
run = ParseRun(source_id=source_id, status="queued", stage="queued",
|
||||
target=src.limit, log=[])
|
||||
s.add(run)
|
||||
s.flush()
|
||||
|
||||
src.last_status = "running"
|
||||
src.last_error = None
|
||||
src.last_run_id = run.id
|
||||
s.commit()
|
||||
|
||||
result = celery_app.send_task("index.run_parser", args=[source_id, run.id],
|
||||
queue="queue.index")
|
||||
run.celery_task_id = result.id
|
||||
s.commit()
|
||||
started.append(f"{source_type}(прогон {run.id})")
|
||||
|
||||
print("запущено:", ", ".join(started) if started else "нечего запускать")
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
main()
|
||||
79
scripts/ops/wikipedia_resume_offset.py
Executable file
79
scripts/ops/wikipedia_resume_offset.py
Executable file
@@ -0,0 +1,79 @@
|
||||
#!/usr/bin/env python3
|
||||
"""Вычислить байтовое смещение в дампе Википедии по уже залитым статьям.
|
||||
|
||||
Нужен один раз при переходе на multistream-дамп: позиция продолжения сменила
|
||||
смысл — раньше это был номер статьи (и прогон перечитывал дамп с начала),
|
||||
теперь байтовое смещение блока.
|
||||
|
||||
Как считается: берём максимальный page_id среди залитых статей и находим в
|
||||
индексе дампа блок, которому он принадлежит. Страницы в дампе идут по
|
||||
возрастанию page_id, поэтому всё, что дальше этого блока, ещё не залито.
|
||||
|
||||
Запуск (в контейнере worker-indexer):
|
||||
docker compose -f docker-compose.prod.yml exec -T worker-indexer python - \\
|
||||
< scripts/ops/wikipedia_resume_offset.py # показать
|
||||
... python - --apply < scripts/ops/wikipedia_resume_offset.py # записать
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import argparse
|
||||
import bz2
|
||||
import os
|
||||
|
||||
DEFAULT_INDEX = "/parsers/ruwiki-index.txt.bz2"
|
||||
|
||||
|
||||
def main() -> None:
|
||||
ap = argparse.ArgumentParser(description=__doc__,
|
||||
formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter)
|
||||
ap.add_argument("--apply", action="store_true", help="записать смещение в источник")
|
||||
ap.add_argument("--index", default=DEFAULT_INDEX, help="путь к индексу дампа")
|
||||
args = ap.parse_args()
|
||||
|
||||
from app.db import db_session
|
||||
from sqlalchemy import text
|
||||
|
||||
if not os.path.exists(args.index):
|
||||
raise SystemExit(f"индекс не найден: {args.index}")
|
||||
|
||||
with db_session() as s:
|
||||
row = s.execute(text("""
|
||||
SELECT max(split_part(ext_id, ':', 2)::bigint)
|
||||
FROM documents WHERE source = 'wikipedia_ru'
|
||||
""")).first()
|
||||
max_pageid = int(row[0]) if row and row[0] else 0
|
||||
print(f"максимальный page_id среди залитых: {max_pageid}")
|
||||
|
||||
if not max_pageid:
|
||||
print("залитых статей нет — начинать с нуля")
|
||||
return
|
||||
|
||||
# Индекс отсортирован по смещению, page_id внутри растут: ищем блок,
|
||||
# в котором лежит наш максимальный, и берём его смещение
|
||||
offset = 0
|
||||
found_title = ""
|
||||
with bz2.open(args.index, "rt", encoding="utf-8") as fh:
|
||||
for line in fh:
|
||||
parts = line.split(":", 2)
|
||||
if len(parts) < 3:
|
||||
continue
|
||||
off, pid = int(parts[0]), int(parts[1])
|
||||
if pid > max_pageid:
|
||||
break
|
||||
offset, found_title = off, parts[2].strip()
|
||||
|
||||
print(f"блок с этой статьёй начинается на байте {offset} ({found_title[:50]!r})")
|
||||
|
||||
if not args.apply:
|
||||
print("\nзапустите с --apply, чтобы записать смещение в источник")
|
||||
return
|
||||
|
||||
with db_session() as s:
|
||||
s.execute(text("""
|
||||
UPDATE parse_sources SET resume_token = :off WHERE source_type = 'wikipedia_ru'
|
||||
"""), {"off": str(offset)})
|
||||
s.commit()
|
||||
print(f"смещение {offset} записано в источник")
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
main()
|
||||
282
scripts/parsers/core.py
Normal file
282
scripts/parsers/core.py
Normal file
@@ -0,0 +1,282 @@
|
||||
"""Парсер CORE (core.ac.uk) — полные тексты открытых репозиториев.
|
||||
|
||||
Зачем нужен: полный текст есть у малой доли корпуса, и по-русски дыра самая
|
||||
большая — CyberLeninka отдаёт только HTML-страницу статьи, тела не даёт. CORE
|
||||
агрегирует открытые репозитории (в том числе вузовские русско- и
|
||||
белорусскоязычные) и кладёт готовый текст прямо в выдачу поиска — его не надо
|
||||
ни скачивать отдельно, ни извлекать из PDF.
|
||||
|
||||
Замер на живом API 16.09.2026: страница в 100 записей приходит за ~7с и
|
||||
содержит 47 статей с текстом длиннее 1500 символов, медиана — 12.7 тыс.
|
||||
символов. То есть один запрос ≈ 47 документов корпуса.
|
||||
|
||||
Чем сузить выборку до русских текстов: в общем потоке CORE кириллицы нет
|
||||
вовсе (проверено: 0 из 48 полных текстов за 2019). Язык у работ размечен
|
||||
плохо — `language` сплошь None или "zz", фильтровать по нему нельзя. Зато
|
||||
работает отбор по архиву-поставщику: запрос вида
|
||||
`(repositories.id:1298 OR repositories.id:21908 OR ...)` по вузовским
|
||||
репозиториям России и Беларуси даёт 79 полных текстов из 100 записей, 78 из
|
||||
них — кириллица. Сам список архивов живёт в поле `query` источника, а не в
|
||||
коде: его правят из админки, не пересобирая образ.
|
||||
|
||||
Массовый парсер (`bulk = True`): отдаёт статьи генератором и пишется пачками
|
||||
через COPY, как Википедия и PMC (см. bulk_writer.py). Статьи без текста
|
||||
пропускаются молча — они уже есть у нас как метаданные из OpenAlex, а
|
||||
обогащать корпус нечем.
|
||||
|
||||
Грабли API, все проверены живьём:
|
||||
- **с российских адресов ключ не работает**: прямой запрос с прода виснет без
|
||||
ошибки (соединение есть, тело ответа не приходит), через `singbox-proxy` тот
|
||||
же запрос отвечает за 1.7с. Анонимные короткие запросы проходят и напрямую,
|
||||
из-за чего поломка выглядит как сетевая. Адрес прокси — `CORE_PROXY_URL`;
|
||||
- у `/v3/search/works` обязателен слэш на конце: иначе 301, а при редиректе
|
||||
теряется заголовок Authorization и запрос уходит анонимным;
|
||||
- `offset` упирается в 100 000 (под капотом Azure Search, глубже — 400),
|
||||
поэтому выборка режется на части — по одному архиву-поставщику на запрос;
|
||||
- **условия через `AND` не связываются**: `(repositories.id:...) AND yearPublished:2026`
|
||||
отдаёт 2.3 млн работ вперемешку по годам, то есть условия объединяются по
|
||||
«или» и год работает лишь как подсказка ранжированию. По отдельности каждое
|
||||
условие фильтрует честно (`yearPublished:2026` — ровно 2026, `repositories.id:1298`
|
||||
— ровно этот архив). Поэтому в запрос идёт РОВНО ОДНО условие: номер архива.
|
||||
Годы, если заданы, отсекаются уже на нашей стороне;
|
||||
- `fullText` — не фильтруемое поле, `_exists_:fullText` отвечает 500.
|
||||
Отбирать статьи с текстом приходится на своей стороне, оплачивая трафиком;
|
||||
- CORE агрегирует репозитории и отдаёт одну статью несколько раз под разными
|
||||
id (проверено: 90810208 и 354263199 — один текст). Дедупликация корпуса
|
||||
идёт только по ext_id, поэтому такие пары легли бы отдельными документами
|
||||
и потом ловились бы как заимствование друг у друга. Отсеиваем по хешу
|
||||
текста в пределах прогона: копии приходят в соседних строках выдачи.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import hashlib
|
||||
import logging
|
||||
import os
|
||||
import re
|
||||
import time
|
||||
from collections.abc import Iterator
|
||||
from typing import Any
|
||||
|
||||
import httpx
|
||||
from base import BaseParser, ProgressCallback
|
||||
|
||||
logger = logging.getLogger(__name__)
|
||||
|
||||
API_URL = "https://api.core.ac.uk/v3/search/works/" # слэш обязателен, см. докстринг
|
||||
PAGE = 100 # максимум записей за запрос
|
||||
MAX_OFFSET = 100_000 # потолок глубины у Azure Search
|
||||
MIN_CHARS = 1500 # короче — обрывок или аннотация, а не статья
|
||||
RETRIES = 3
|
||||
# CORE отдаёт данные по ключу только за пределами РФ: с прода прямой запрос
|
||||
# молча виснет (TCP есть, тело ответа не приходит), а тот же запрос через
|
||||
# sing-box возвращается за 1.7с. Анонимные мелкие запросы проходят и напрямую,
|
||||
# поэтому со стороны это выглядит как поломка сети, а не блокировка. Тот же
|
||||
# приём, что для OpenRouter в worker-gpu. Пусто = ходить напрямую.
|
||||
DEFAULT_PROXY = "socks5://singbox-proxy:1080"
|
||||
|
||||
|
||||
class COREParser(BaseParser):
|
||||
"""Полные тексты из CORE. Отдаёт статьи потоком, режет выборку по годам."""
|
||||
|
||||
source_name = "core"
|
||||
bulk = True
|
||||
|
||||
def __init__(self, api_key: str | None = None, proxy_url: str | None = None) -> None:
|
||||
super().__init__()
|
||||
self.api_key = api_key or os.environ.get("CORE_API_KEY", "")
|
||||
# Вне compose-сети (локальный прогон, тесты) имени singbox-proxy нет —
|
||||
# там прокси отключают, выставив CORE_PROXY_URL пустым
|
||||
self.proxy_url = self._proxy(proxy_url)
|
||||
if not self.api_key:
|
||||
logger.warning("CORE: ключ не задан (CORE_API_KEY) — API ответит 401")
|
||||
# Страница весит ~5 МБ, обычный ответ ~7с. 30с — запас на джиттер в
|
||||
# десять раз, но без риска съесть бюджет прогона: три попытки по 60с
|
||||
# отъедали 180с из 1500с на одной залипшей странице (поймано 16.09.2026,
|
||||
# та же грабля, что чинили в pmc_bulk)
|
||||
self.client = httpx.Client(
|
||||
timeout=30,
|
||||
proxy=self.proxy_url or None,
|
||||
headers={
|
||||
"Authorization": f"Bearer {self.api_key}",
|
||||
"User-Agent": "AcademicHelper/1.0 (noreply@jze9.ru)",
|
||||
},
|
||||
)
|
||||
self.last_token: str | None = None
|
||||
|
||||
@staticmethod
|
||||
def _proxy(proxy_url: str | None) -> str:
|
||||
"""Адрес прокси: явный аргумент, иначе CORE_PROXY_URL, иначе умолчание."""
|
||||
if proxy_url is not None:
|
||||
return proxy_url
|
||||
return os.environ.get("CORE_PROXY_URL", DEFAULT_PROXY)
|
||||
|
||||
def fetch( # type: ignore[override]
|
||||
self,
|
||||
limit: int = 1000,
|
||||
query: str = "",
|
||||
year_from: int | None = None,
|
||||
year_to: int | None = None,
|
||||
resume_token: str | None = None,
|
||||
progress_cb: ProgressCallback | None = None,
|
||||
**_ignored: Any,
|
||||
) -> Iterator[dict[str, Any]]:
|
||||
"""Статьи с полным текстом, архив за архивом.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
limit: сколько статей с текстом отдать за прогон
|
||||
query: список архивов — номера через запятую/пробел или выражение
|
||||
`(repositories.id:N OR ...)`. Пустой — обычный поиск по словам
|
||||
year_from: отсекать статьи старше этого года (необязательно)
|
||||
year_to: отсекать статьи новее этого года (необязательно)
|
||||
resume_token: позиция вида "1298:4200" — архив и смещение в нём
|
||||
progress_cb: см. base.ProgressCallback
|
||||
"""
|
||||
parts = self._repos(query)
|
||||
start_part, start_offset = self._parse_token(resume_token)
|
||||
if start_part in parts:
|
||||
parts = parts[parts.index(start_part):]
|
||||
else:
|
||||
start_offset = 0
|
||||
|
||||
given = 0
|
||||
seen: set[str] = set()
|
||||
for part in parts:
|
||||
offset = start_offset
|
||||
start_offset = 0 # смещение относится только к архиву из токена
|
||||
|
||||
while given < limit and offset < MAX_OFFSET:
|
||||
results = self._page(part, query, offset)
|
||||
if results is None: # API не ответил — прогон закончен
|
||||
return
|
||||
if not results:
|
||||
logger.info("CORE: архив %s исчерпан на смещении %d", part, offset)
|
||||
break
|
||||
|
||||
token = f"{part}:{offset}"
|
||||
for work in results:
|
||||
text = work.get("fullText") or ""
|
||||
if len(text) < MIN_CHARS:
|
||||
continue
|
||||
year = work.get("yearPublished")
|
||||
if year and ((year_from and year < year_from)
|
||||
or (year_to and year > year_to)):
|
||||
continue
|
||||
# Дубли CORE: один текст под разными id (см. докстринг).
|
||||
# Хеша начала текста хватает — совпадение первых 5 тыс.
|
||||
# символов у разных статей практически исключено
|
||||
digest = hashlib.sha1(text[:5000].encode()).hexdigest()
|
||||
if digest in seen:
|
||||
continue
|
||||
seen.add(digest)
|
||||
given += 1
|
||||
# Токен указывает на страницу, из которой пришла статья, а
|
||||
# не на следующую: пачка может прерваться на её середине, и
|
||||
# тогда следующий прогон перечитает страницу целиком.
|
||||
# Лишний запрос дешевле потерянных статей, дубли отсекает
|
||||
# ON CONFLICT на ext_id
|
||||
work["resume_token"] = token
|
||||
yield work
|
||||
if given >= limit:
|
||||
break
|
||||
|
||||
offset += PAGE
|
||||
self.last_token = f"{part}:{offset}"
|
||||
if progress_cb and not progress_cb(given):
|
||||
logger.info("CORE: выборка остановлена по запросу (%d)", given)
|
||||
return
|
||||
|
||||
logger.info("CORE: пройдено архивов: %d, отдано %d", len(parts), given)
|
||||
|
||||
@staticmethod
|
||||
def _repos(query: str) -> list[str]:
|
||||
"""Номера архивов из настройки источника.
|
||||
|
||||
Принимает и выражение `(repositories.id:1298 OR ...)`, и простой список
|
||||
«1298, 21908». Если номеров нет вовсе — единственная часть с именем
|
||||
`q`: тогда парсер просто ищет по словам запроса.
|
||||
"""
|
||||
ids = re.findall(r"repositories\.id:(\d+)", query or "")
|
||||
if not ids:
|
||||
ids = re.findall(r"\b\d{2,7}\b", query or "")
|
||||
return ids or ["q"]
|
||||
|
||||
@staticmethod
|
||||
def _parse_token(token: str | None) -> tuple[str | None, int]:
|
||||
"""Разобрать позицию "архив:смещение"; мусор — начать сначала."""
|
||||
if not token or ":" not in token:
|
||||
return None, 0
|
||||
part, _, offset = token.rpartition(":")
|
||||
try:
|
||||
return part, int(offset)
|
||||
except ValueError:
|
||||
logger.warning("CORE: непонятная позиция %r, начинаем сначала", token)
|
||||
return None, 0
|
||||
|
||||
def _page(self, part: str, query: str, offset: int) -> list[dict[str, Any]] | None:
|
||||
"""Одна страница выдачи; None — API не отвечает, прогон пора кончать.
|
||||
|
||||
В запросе РОВНО одно условие: связка через AND в этом API не работает
|
||||
(см. докстринг модуля), поэтому годы отсекаются уже после выборки.
|
||||
"""
|
||||
q = f"repositories.id:{part}" if part != "q" else (query or "*")
|
||||
params = {"q": q, "limit": PAGE, "offset": offset}
|
||||
|
||||
for attempt in range(RETRIES):
|
||||
try:
|
||||
resp = self.client.get(API_URL, params=params)
|
||||
if resp.status_code == 429:
|
||||
# Лимит тарифа: подождать и повторить, а не ронять прогон
|
||||
wait = int(resp.headers.get("retry-after", 30))
|
||||
logger.warning("CORE: лимит запросов, ждём %dс", wait)
|
||||
time.sleep(min(wait, 60))
|
||||
continue
|
||||
resp.raise_for_status()
|
||||
return resp.json().get("results") or []
|
||||
except Exception as e:
|
||||
logger.warning(
|
||||
"CORE: страница %s:%d не удалась (%d/%d): %s",
|
||||
part, offset, attempt + 1, RETRIES, e,
|
||||
)
|
||||
time.sleep(2 * (attempt + 1))
|
||||
|
||||
logger.error("CORE: страница %s:%d не далась за %d попыток", part, offset, RETRIES)
|
||||
return None
|
||||
|
||||
def transform(self, raw: dict[str, Any]) -> dict[str, Any]:
|
||||
"""Привести статью CORE к унифицированному формату корпуса."""
|
||||
ext = raw.get("id")
|
||||
text = raw.get("fullText") or ""
|
||||
if not ext or len(text) < MIN_CHARS:
|
||||
return {}
|
||||
|
||||
lang = raw.get("language") or {}
|
||||
code = lang.get("code") if isinstance(lang, dict) else lang
|
||||
journals = raw.get("journals") or []
|
||||
journal = journals[0].get("title") if journals and isinstance(journals[0], dict) else None
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"source": self.source_name,
|
||||
"ext_id": f"core:{ext}",
|
||||
"title": (raw.get("title") or f"CORE {ext}")[:1000],
|
||||
"authors": self.normalize_authors(self._authors(raw)),
|
||||
"doi": raw.get("doi"),
|
||||
"year": raw.get("yearPublished"),
|
||||
# zz у CORE значит «язык не определён» — лучше пусто, чем мусор
|
||||
"lang": code if code and code != "zz" else None,
|
||||
"journal": journal[:300] if journal else None,
|
||||
"url": raw.get("downloadUrl") or f"https://core.ac.uk/works/{ext}",
|
||||
"abstract": (raw.get("abstract") or text[:2000])[:2000],
|
||||
"text": text,
|
||||
"resume_token": raw.get("resume_token"),
|
||||
}
|
||||
|
||||
@staticmethod
|
||||
def _authors(raw: dict[str, Any]) -> list[dict[str, str]]:
|
||||
"""Авторы CORE приходят одной строкой "Фамилия, Имя Отчество"."""
|
||||
out = []
|
||||
for author in raw.get("authors") or []:
|
||||
name = author.get("name") if isinstance(author, dict) else author
|
||||
if not name:
|
||||
continue
|
||||
last, _, first = str(name).partition(",")
|
||||
out.append({"last_name": last.strip(), "first_name": first.strip()})
|
||||
return out
|
||||
164
scripts/parsers/pmc_bulk.py
Normal file
164
scripts/parsers/pmc_bulk.py
Normal file
@@ -0,0 +1,164 @@
|
||||
"""Парсер PubMed Central из открытого бакета AWS — массовый путь.
|
||||
|
||||
Отличие от `pmc.py`: тот ходит в API E-utilities и годится для точечной
|
||||
докачки по теме (1-2 статьи в секунду, есть rate limit). Этот берёт статьи из
|
||||
бакета `pmc-oa-opendata`, где у каждой лежит **уже извлечённый текст**, и
|
||||
качает их пачками в несколько потоков — путь к сотням тысяч и миллионам.
|
||||
|
||||
Ключ для доступа не нужен, бакет открыт. Замер: 12 статей/с в 10 потоков.
|
||||
|
||||
Как и парсер Википедии, отдаёт статьи генератором: складывать миллионы
|
||||
документов в список нельзя (см. bulk_writer.py).
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import logging
|
||||
import re
|
||||
from collections.abc import Iterator
|
||||
from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor, as_completed
|
||||
from typing import Any
|
||||
from urllib.parse import quote
|
||||
|
||||
import httpx
|
||||
from base import BaseParser, ProgressCallback
|
||||
|
||||
logger = logging.getLogger(__name__)
|
||||
|
||||
BUCKET = "https://pmc-oa-opendata.s3.amazonaws.com"
|
||||
KEY_RE = re.compile(r"<Key>(PMC\d+\.\d+)/\1\.txt</Key>")
|
||||
TOKEN_RE = re.compile(r"<NextContinuationToken>([^<]+)</NextContinuationToken>")
|
||||
YEAR_RE = re.compile(r"\b(19|20)\d{2}\b")
|
||||
MIN_CHARS = 1500 # меньше — обрывок, а не статья
|
||||
|
||||
|
||||
class PMCBulkParser(BaseParser):
|
||||
"""PMC Open Access из бакета AWS. Отдаёт статьи потоком."""
|
||||
|
||||
source_name = "pmc" # тот же источник в корпусе, что и у API-парсера
|
||||
bulk = True
|
||||
|
||||
def __init__(self, workers: int = 12) -> None:
|
||||
super().__init__()
|
||||
self.workers = workers
|
||||
# 60с на файл при бюджете задачи в 1500с — один залипший запрос съедал
|
||||
# почти весь бюджет. Обычный GET сюда укладывается в доли секунды,
|
||||
# 12с — с большим запасом на джиттер, но без риска съесть весь прогон
|
||||
self.client = httpx.Client(
|
||||
timeout=12,
|
||||
headers={"User-Agent": "AcademicHelper/1.0 (noreply@jze9.ru)"},
|
||||
)
|
||||
# Позиция листинга: бакет отдаётся страницами, и продолжать прогон
|
||||
# нужно с той же страницы, а не с начала
|
||||
self.last_token: str | None = None
|
||||
|
||||
def fetch( # type: ignore[override]
|
||||
self,
|
||||
limit: int = 1000,
|
||||
resume_token: str | None = None,
|
||||
start_after: str | None = None,
|
||||
progress_cb: ProgressCallback | None = None,
|
||||
**_ignored: Any,
|
||||
) -> Iterator[dict[str, Any]]:
|
||||
"""Статьи из бакета: листинг страницами, скачивание в потоках.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
limit: сколько статей отдать
|
||||
resume_token: продолжить листинг с сохранённой страницы бакета
|
||||
start_after: ключ, после которого начинать листинг. Нужен, когда
|
||||
токена нет (первый прогон после ручных заливок): без него
|
||||
листинг пошёл бы с начала бакета и часами перемалывал уже
|
||||
залитые статьи как дубли
|
||||
progress_cb: см. base.ProgressCallback
|
||||
"""
|
||||
token = resume_token
|
||||
given = 0
|
||||
|
||||
while given < limit:
|
||||
try:
|
||||
ids, token = self._list_page(
|
||||
token, want=min(200, limit - given),
|
||||
start_after=None if token else start_after,
|
||||
)
|
||||
except Exception as e:
|
||||
logger.error("PMC bulk: листинг не удался: %s", e)
|
||||
return
|
||||
if not ids:
|
||||
logger.info("PMC bulk: бакет закончился")
|
||||
return
|
||||
|
||||
# as_completed вместо map(): map() отдаёт результаты строго по
|
||||
# порядку отправки, поэтому один залипший запрос блокирует все
|
||||
# уже готовые — даже если остальные 11 потоков давно отработали
|
||||
with ThreadPoolExecutor(max_workers=self.workers) as pool:
|
||||
futures = {pool.submit(self._fetch_article, i): i for i in ids}
|
||||
for future in as_completed(futures):
|
||||
raw = future.result()
|
||||
if raw is None:
|
||||
continue
|
||||
given += 1
|
||||
raw["resume_token"] = token
|
||||
yield raw
|
||||
if given >= limit:
|
||||
break
|
||||
|
||||
self.last_token = token
|
||||
if progress_cb and not progress_cb(given):
|
||||
logger.info("PMC bulk: выборка остановлена по запросу (%d)", given)
|
||||
return
|
||||
if token is None:
|
||||
return
|
||||
|
||||
def _list_page(
|
||||
self, token: str | None, want: int, start_after: str | None = None
|
||||
) -> tuple[list[str], str | None]:
|
||||
"""Одна страница листинга бакета: id статей и токен следующей страницы."""
|
||||
url = f"{BUCKET}/?list-type=2&max-keys=1000"
|
||||
if token:
|
||||
# В токене бывают + и / — без экранирования S3 отвечает 400
|
||||
url += f"&continuation-token={quote(token, safe='')}"
|
||||
elif start_after:
|
||||
url += f"&start-after={quote(start_after, safe='')}"
|
||||
resp = self.client.get(url)
|
||||
resp.raise_for_status()
|
||||
ids = KEY_RE.findall(resp.text)[:want]
|
||||
m = TOKEN_RE.search(resp.text)
|
||||
return ids, (m.group(1) if m else None)
|
||||
|
||||
def _fetch_article(self, art_id: str) -> dict[str, Any] | None:
|
||||
"""Текст статьи и метаданные; None — статья недоступна или пустая."""
|
||||
try:
|
||||
txt = self.client.get(f"{BUCKET}/{art_id}/{art_id}.txt")
|
||||
if txt.status_code != 200 or len(txt.text) < MIN_CHARS:
|
||||
return None
|
||||
meta_resp = self.client.get(f"{BUCKET}/{art_id}/{art_id}.json")
|
||||
meta = meta_resp.json() if meta_resp.status_code == 200 else {}
|
||||
except Exception:
|
||||
return None
|
||||
|
||||
return {"art_id": art_id, "meta": meta, "text": txt.text}
|
||||
|
||||
def transform(self, raw: dict[str, Any]) -> dict[str, Any]:
|
||||
"""Привести статью к унифицированному формату документов корпуса."""
|
||||
meta = raw.get("meta") or {}
|
||||
art_id = raw.get("art_id", "")
|
||||
pmcid = meta.get("pmcid") or art_id.split(".")[0]
|
||||
if not pmcid:
|
||||
return {}
|
||||
|
||||
citation = meta.get("citation") or ""
|
||||
year_match = YEAR_RE.search(citation)
|
||||
text = raw.get("text", "")
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"source": self.source_name,
|
||||
"ext_id": f"pmc:{pmcid}",
|
||||
"title": (meta.get("title") or pmcid)[:1000],
|
||||
"authors": [],
|
||||
"doi": meta.get("doi"),
|
||||
"year": int(year_match.group(0)) if year_match else None,
|
||||
"lang": "en",
|
||||
"journal": citation[:300] or None,
|
||||
"url": f"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/{pmcid}/",
|
||||
"abstract": text[:2000],
|
||||
"text": text,
|
||||
"resume_token": raw.get("resume_token"),
|
||||
}
|
||||
156
scripts/parsers/tests/test_core.py
Normal file
156
scripts/parsers/tests/test_core.py
Normal file
@@ -0,0 +1,156 @@
|
||||
"""Юнит-тесты парсера CORE — чистая логика, без сети.
|
||||
|
||||
Стерегут то, ради чего парсер написан иначе остальных: отбор статей с полным
|
||||
текстом, отсев дублей CORE (одна статья под разными id), нарезку выборки по
|
||||
архивам-поставщикам и позицию продолжения «архив:смещение».
|
||||
|
||||
Нарезка по архивам — не украшение: связка условий через `AND` в API CORE не
|
||||
работает (запрос по архивам вместе с годом отдаёт годы вперемешку), поэтому в
|
||||
запрос идёт ровно одно условие, а годы отсекаются уже на нашей стороне.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
from core import DEFAULT_PROXY, MIN_CHARS, COREParser
|
||||
|
||||
LONG = "слово " * 400 # заведомо длиннее MIN_CHARS
|
||||
|
||||
SAMPLE = {
|
||||
"id": 123456,
|
||||
"title": "Нейронные сети в медицине",
|
||||
"authors": [{"name": "Кузьмин, Ярослав Вадимович"}, {"name": "Савенок А."}],
|
||||
"doi": "10.1234/x",
|
||||
"yearPublished": 2019,
|
||||
"language": {"code": "ru"},
|
||||
"journals": [{"title": "Вестник"}],
|
||||
"downloadUrl": "https://core.ac.uk/download/1.pdf",
|
||||
"abstract": "Аннотация",
|
||||
"fullText": LONG,
|
||||
"resume_token": "1298:100",
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_repos_from_or_expression():
|
||||
q = "(repositories.id:1298 OR repositories.id:21908 OR repositories.id:949)"
|
||||
assert COREParser._repos(q) == ["1298", "21908", "949"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_repos_from_plain_list():
|
||||
assert COREParser._repos("1298, 21908 949") == ["1298", "21908", "949"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_repos_without_numbers_falls_back_to_word_search():
|
||||
# Номеров нет — единственная часть «q»: обычный поиск по словам
|
||||
assert COREParser._repos("нейронные сети") == ["q"]
|
||||
assert COREParser._repos("") == ["q"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_parse_token():
|
||||
assert COREParser._parse_token("1298:4200") == ("1298", 4200)
|
||||
assert COREParser._parse_token("q:300") == ("q", 300)
|
||||
assert COREParser._parse_token(None) == (None, 0)
|
||||
assert COREParser._parse_token("мусор") == (None, 0)
|
||||
assert COREParser._parse_token("архив:смещение") == (None, 0)
|
||||
|
||||
|
||||
def test_transform_maps_fields():
|
||||
t = COREParser(proxy_url="").transform(SAMPLE)
|
||||
assert t["ext_id"] == "core:123456"
|
||||
assert t["source"] == "core"
|
||||
assert t["year"] == 2019 and t["lang"] == "ru"
|
||||
assert t["journal"] == "Вестник"
|
||||
assert t["text"] == LONG
|
||||
assert t["resume_token"] == "1298:100"
|
||||
# Автор приходит одной строкой «Фамилия, Имя Отчество»
|
||||
assert t["authors"][0]["last_name"] == "Кузьмин"
|
||||
assert t["authors"][0]["initials"] == "Я.В."
|
||||
|
||||
|
||||
def test_transform_skips_short_text():
|
||||
assert COREParser(proxy_url="").transform(dict(SAMPLE, fullText="коротко")) == {}
|
||||
assert COREParser(proxy_url="").transform(dict(SAMPLE, fullText=None)) == {}
|
||||
assert COREParser(proxy_url="").transform(dict(SAMPLE, id=None)) == {}
|
||||
|
||||
|
||||
def test_transform_drops_undefined_language():
|
||||
# zz у CORE значит «язык не определён» — в корпус такое класть незачем
|
||||
assert COREParser(proxy_url="").transform(dict(SAMPLE, language={"code": "zz"}))["lang"] is None
|
||||
assert COREParser(proxy_url="").transform(dict(SAMPLE, language=None))["lang"] is None
|
||||
|
||||
|
||||
def _parser_with_pages(pages):
|
||||
"""Парсер, у которого выдача подменена заранее заготовленными страницами."""
|
||||
p = COREParser(api_key="test", proxy_url="")
|
||||
calls = []
|
||||
|
||||
def fake_page(part, query, offset):
|
||||
calls.append((part, offset))
|
||||
return pages.pop(0) if pages else []
|
||||
|
||||
p._page = fake_page # type: ignore[method-assign]
|
||||
p.calls = calls # type: ignore[attr-defined]
|
||||
return p
|
||||
|
||||
|
||||
def test_fetch_drops_core_duplicates():
|
||||
# Одна и та же статья под разными id — CORE так отдаёт всегда
|
||||
page = [
|
||||
{"id": 1, "fullText": LONG},
|
||||
{"id": 2, "fullText": LONG},
|
||||
{"id": 3, "fullText": LONG + "иное"},
|
||||
{"id": 4, "fullText": "коротко"},
|
||||
]
|
||||
p = _parser_with_pages([page])
|
||||
got = list(p.fetch(limit=10, query="repositories.id:1298"))
|
||||
assert [w["id"] for w in got] == [1, 3]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_fetch_position_points_at_own_page():
|
||||
# Токен обязан указывать на страницу, откуда пришла статья: пачка может
|
||||
# прерваться на середине, и следующий прогон перечитает её целиком
|
||||
pages = [[{"id": 1, "fullText": LONG}], [{"id": 2, "fullText": LONG + "два"}]]
|
||||
p = _parser_with_pages(pages)
|
||||
got = list(p.fetch(limit=10, query="repositories.id:1298"))
|
||||
assert [w["resume_token"] for w in got] == ["1298:0", "1298:100"]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_fetch_walks_archives_and_resumes():
|
||||
p = _parser_with_pages([[], []])
|
||||
list(p.fetch(limit=10, query="(repositories.id:1298 OR repositories.id:949)",
|
||||
resume_token="1298:300"))
|
||||
# Начали с архива из токена и его смещения, пустой архив — переход к следующему
|
||||
assert p.calls == [("1298", 300), ("949", 0)]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_fetch_ignores_token_of_unknown_archive():
|
||||
p = _parser_with_pages([[]])
|
||||
list(p.fetch(limit=10, query="repositories.id:1298", resume_token="99999:500"))
|
||||
assert p.calls == [("1298", 0)]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_fetch_filters_years_on_our_side():
|
||||
# Годы API не фильтрует, поэтому отсекаем сами — и только если заданы
|
||||
page = [
|
||||
{"id": 1, "fullText": LONG, "yearPublished": 2004},
|
||||
{"id": 2, "fullText": LONG + "два", "yearPublished": 2015},
|
||||
{"id": 3, "fullText": LONG + "три", "yearPublished": 2030},
|
||||
]
|
||||
p = _parser_with_pages([list(page)])
|
||||
got = list(p.fetch(limit=10, query="repositories.id:1298", year_from=2010, year_to=2026))
|
||||
assert [w["id"] for w in got] == [2]
|
||||
|
||||
p2 = _parser_with_pages([list(page)])
|
||||
got2 = list(p2.fetch(limit=10, query="repositories.id:1298"))
|
||||
assert [w["id"] for w in got2] == [1, 2, 3]
|
||||
|
||||
|
||||
def test_min_chars_threshold_is_meaningful():
|
||||
assert MIN_CHARS >= 1000
|
||||
|
||||
|
||||
def test_proxy_choice(monkeypatch):
|
||||
# CORE не отвечает на ключ с российских адресов — по умолчанию идём через
|
||||
# sing-box, но вне compose-сети прокси отключают пустым значением
|
||||
monkeypatch.delenv("CORE_PROXY_URL", raising=False)
|
||||
assert COREParser._proxy(None) == DEFAULT_PROXY
|
||||
monkeypatch.setenv("CORE_PROXY_URL", "socks5://иной:1080")
|
||||
assert COREParser._proxy(None) == "socks5://иной:1080"
|
||||
assert COREParser._proxy("") == "" # явное «без прокси» сильнее окружения
|
||||
199
scripts/parsers/wikipedia_ru.py
Normal file
199
scripts/parsers/wikipedia_ru.py
Normal file
@@ -0,0 +1,199 @@
|
||||
"""Парсер русской Википедии из дампа Wikimedia.
|
||||
|
||||
Зачем в корпусе: студенты копируют из Википедии чаще, чем из научных статей, а
|
||||
по объёму связного русского текста ей нет альтернативы среди доступного —
|
||||
КиберЛенинка блокирует выкачку, eLIBRARY требует договора.
|
||||
|
||||
Отличие от остальных парсеров: `fetch` возвращает **генератор**, а не список.
|
||||
Дамп — 5.6 ГБ и около 2 млн статей, держать их в памяти нельзя, поэтому
|
||||
`run_parser` читает результат лениво и пишет пачками (см. bulk_writer.py).
|
||||
|
||||
Используется **multistream**-вариант дампа: он состоит из независимых bz2-блоков
|
||||
по 100 статей, и к нему прилагается индекс со смещениями. Это принципиально —
|
||||
обычный дамп читается только с начала, поэтому каждый следующий прогон
|
||||
перечитывал всё уже залитое: на 20 тысячах статей это стоило 6 минут из 25
|
||||
доступных, а на 100 тысячах съело бы весь бюджет и заливка встала бы совсем.
|
||||
С multistream позиция продолжения — байтовое смещение, и прогон стартует
|
||||
мгновенно.
|
||||
|
||||
Файлы качаются заранее и кладутся туда, где их видит воркер:
|
||||
B=https://dumps.wikimedia.org/ruwiki/latest
|
||||
UA="AcademicHelper/1.0 (https://academic.jze9.ru; noreply@jze9.ru)"
|
||||
curl -L -C - --retry 100 -A "$UA" -o scripts/parsers/ruwiki-multistream.xml.bz2 \\
|
||||
$B/ruwiki-latest-pages-articles-multistream.xml.bz2
|
||||
|
||||
Читать дамп прямо из сети не выйдет: Wikimedia обрывает долгие соединения
|
||||
(проверено — обрыв на 32 МБ из 5.9 ГБ).
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import bz2
|
||||
import logging
|
||||
import os
|
||||
import re
|
||||
from collections.abc import Iterator
|
||||
from typing import Any
|
||||
|
||||
from base import BaseParser, ProgressCallback
|
||||
|
||||
logger = logging.getLogger(__name__)
|
||||
|
||||
DEFAULT_DUMP = "/parsers/ruwiki-multistream.xml.bz2"
|
||||
|
||||
PAGE_RE = re.compile(r"<page>(.*?)</page>", re.DOTALL)
|
||||
TITLE_RE = re.compile(r"<title>(.*?)</title>", re.DOTALL)
|
||||
ID_RE = re.compile(r"<id>(\d+)</id>")
|
||||
NS_RE = re.compile(r"<ns>(\d+)</ns>")
|
||||
TEXT_RE = re.compile(r"<text[^>]*>(.*?)</text>", re.DOTALL)
|
||||
REDIRECT_RE = re.compile(r"<redirect ")
|
||||
|
||||
# Разметку чистим регулярками: для отпечатков нужен связный текст, а не точное
|
||||
# восстановление вёрстки — полноценный парсер вики-разметки тут неоправдан
|
||||
TEMPLATE_RE = re.compile(r"\{\{[^{}]*\}\}")
|
||||
CLEAN_RULES = [
|
||||
(re.compile(r"\[\[[^\]|]*\|"), ""), # [[ссылка|текст → текст
|
||||
(re.compile(r"\[\[|\]\]"), ""),
|
||||
(re.compile(r"<ref[^>]*>.*?</ref>", re.DOTALL), " "),
|
||||
(re.compile(r"<[^>]+>"), " "),
|
||||
(re.compile(r"^[*#:;|!].*$", re.MULTILINE), " "), # списки и таблицы
|
||||
(re.compile(r"^=+.*?=+$", re.MULTILINE), " "), # == заголовки разделов ==
|
||||
(re.compile(r"'{2,}"), ""),
|
||||
(re.compile(r"&[a-z]+;"), " "),
|
||||
(re.compile(r"[ \t]+"), " "),
|
||||
(re.compile(r"\n{2,}"), "\n"),
|
||||
]
|
||||
|
||||
|
||||
def clean_wikitext(raw: str) -> str:
|
||||
"""Убрать вики-разметку, оставив читаемый текст статьи."""
|
||||
text = raw
|
||||
for _ in range(3): # шаблоны бывают вложенными
|
||||
text = TEMPLATE_RE.sub(" ", text)
|
||||
for rx, repl in CLEAN_RULES:
|
||||
text = rx.sub(repl, text)
|
||||
return text.strip()
|
||||
|
||||
|
||||
class WikipediaRuParser(BaseParser):
|
||||
"""Русская Википедия из локального дампа. Отдаёт статьи потоком."""
|
||||
|
||||
source_name = "wikipedia_ru"
|
||||
# Признак для run_parser: результат читается лениво и пишется пачками,
|
||||
# а не собирается в список и не идёт через add_document по одному
|
||||
bulk = True
|
||||
|
||||
def fetch( # type: ignore[override]
|
||||
self,
|
||||
limit: int = 1000,
|
||||
min_chars: int = 2000,
|
||||
dump_path: str | None = None,
|
||||
start_offset: int = 0,
|
||||
progress_cb: ProgressCallback | None = None,
|
||||
**_ignored: Any,
|
||||
) -> Iterator[dict[str, Any]]:
|
||||
"""Статьи основного пространства имён из multistream-дампа.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
limit: сколько статей отдать
|
||||
min_chars: минимальная длина текста — заготовки в корпусе бесполезны
|
||||
dump_path: путь к дампу (по умолчанию /parsers/ruwiki-multistream.xml.bz2)
|
||||
start_offset: байтовое смещение в файле, с которого продолжать.
|
||||
Именно смещение, а не номер статьи: перечитывание дампа с начала
|
||||
росло линейно и на сотне тысяч статей съедало весь бюджет прогона
|
||||
progress_cb: см. base.ProgressCallback
|
||||
"""
|
||||
path = dump_path or os.environ.get("WIKIPEDIA_DUMP_PATH") or DEFAULT_DUMP
|
||||
if not os.path.exists(path):
|
||||
raise FileNotFoundError(
|
||||
f"дамп Википедии не найден: {path} — скачайте его (см. модуль) "
|
||||
f"или укажите WIKIPEDIA_DUMP_PATH"
|
||||
)
|
||||
|
||||
given = 0
|
||||
buf = ""
|
||||
|
||||
with open(path, "rb") as fh:
|
||||
fh.seek(start_offset)
|
||||
# Смещение блока, из которого пришли уже отданные статьи: его и
|
||||
# сохраняем как позицию продолжения, чтобы ничего не потерять
|
||||
block_offset = start_offset
|
||||
decomp = bz2.BZ2Decompressor()
|
||||
|
||||
while given < limit:
|
||||
part = fh.read(4 * 1024 * 1024)
|
||||
if not part:
|
||||
break
|
||||
|
||||
# В multistream-дампе потоки идут подряд: закончился один —
|
||||
# начинаем следующий с того места, где предыдущий остановился
|
||||
while part:
|
||||
try:
|
||||
raw = decomp.decompress(part)
|
||||
except (OSError, EOFError):
|
||||
return
|
||||
if raw:
|
||||
buf += raw.decode("utf-8", errors="replace")
|
||||
|
||||
if not decomp.eof:
|
||||
break
|
||||
part = decomp.unused_data
|
||||
decomp = bz2.BZ2Decompressor()
|
||||
|
||||
while given < limit:
|
||||
m = PAGE_RE.search(buf)
|
||||
if not m:
|
||||
break
|
||||
page, buf = m.group(1), buf[m.end():]
|
||||
|
||||
doc = self._page_to_doc(page, min_chars)
|
||||
if doc is None:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
given += 1
|
||||
doc["dump_offset"] = block_offset
|
||||
yield doc
|
||||
|
||||
if progress_cb and not progress_cb(given):
|
||||
logger.info("Википедия: выборка остановлена по запросу (%d)", given)
|
||||
return
|
||||
|
||||
# Всё разобранное отдано — следующая позиция продолжения здесь
|
||||
block_offset = fh.tell() - len(buf.encode("utf-8", errors="ignore")) // 4
|
||||
|
||||
if len(buf) > 20 * 1024 * 1024: # страховка от разбухания
|
||||
buf = buf[-1024 * 1024:]
|
||||
|
||||
def _page_to_doc(self, page: str, min_chars: int) -> dict[str, Any] | None:
|
||||
"""Разобрать <page> в документ; None — страница нам не подходит."""
|
||||
if REDIRECT_RE.search(page):
|
||||
return None
|
||||
ns = NS_RE.search(page)
|
||||
if not ns or ns.group(1) != "0": # только статьи
|
||||
return None
|
||||
|
||||
tm, im, xm = TITLE_RE.search(page), ID_RE.search(page), TEXT_RE.search(page)
|
||||
if not (tm and im and xm):
|
||||
return None
|
||||
|
||||
text = clean_wikitext(xm.group(1))
|
||||
if len(text) < min_chars:
|
||||
return None
|
||||
|
||||
return {"pageid": im.group(1), "title": tm.group(1), "text": text}
|
||||
|
||||
def transform(self, raw: dict[str, Any]) -> dict[str, Any]:
|
||||
"""Привести статью к унифицированному формату документов корпуса."""
|
||||
pid = raw.get("pageid")
|
||||
if not pid:
|
||||
return {}
|
||||
return {
|
||||
"source": self.source_name,
|
||||
"ext_id": f"wikipedia_ru:{pid}",
|
||||
"title": raw.get("title", ""),
|
||||
"authors": [],
|
||||
"year": None,
|
||||
"lang": "ru",
|
||||
"url": f"https://ru.wikipedia.org/?curid={pid}",
|
||||
"abstract": (raw.get("text") or "")[:2000],
|
||||
"text": raw.get("text", ""),
|
||||
"dump_offset": raw.get("dump_offset"),
|
||||
}
|
||||
29
services/api/alembic/versions/007_parse_source_resume.py
Normal file
29
services/api/alembic/versions/007_parse_source_resume.py
Normal file
@@ -0,0 +1,29 @@
|
||||
"""Позиция продолжения массовой заливки в источнике.
|
||||
|
||||
Revision ID: 007
|
||||
Revises: 006
|
||||
Create Date: 2026-09-05
|
||||
|
||||
Массовые источники (дамп Википедии, бакет PMC) заливаются частями: за один
|
||||
прогон берётся столько статей, сколько влезает в бюджет времени таска. Чтобы
|
||||
следующий прогон продолжал с того же места, а не перечитывал залитое заново,
|
||||
позиция сохраняется прямо в источнике: для Википедии это номер статьи в дампе,
|
||||
для PMC — токен страницы бакета.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import sqlalchemy as sa
|
||||
|
||||
from alembic import op
|
||||
|
||||
revision = "007"
|
||||
down_revision = "006"
|
||||
branch_labels = None
|
||||
depends_on = None
|
||||
|
||||
|
||||
def upgrade() -> None:
|
||||
op.add_column("parse_sources", sa.Column("resume_token", sa.Text(), nullable=True))
|
||||
|
||||
|
||||
def downgrade() -> None:
|
||||
op.drop_column("parse_sources", "resume_token")
|
||||
@@ -9,7 +9,7 @@ import io
|
||||
import logging
|
||||
import os
|
||||
import uuid
|
||||
from datetime import UTC, datetime, timedelta
|
||||
from datetime import datetime, timedelta
|
||||
from pathlib import Path
|
||||
|
||||
import httpx
|
||||
@@ -50,8 +50,10 @@ logger = logging.getLogger(__name__)
|
||||
|
||||
router = APIRouter(prefix="/admin", tags=["admin"], dependencies=[Depends(get_admin_user)])
|
||||
|
||||
# Типы источников, для которых в worker-indexer есть парсер (index.run_parser)
|
||||
SOURCE_TYPES = ("openalex", "cyberleninka", "arxiv", "pmc")
|
||||
# Типы источников, для которых в worker-indexer есть парсер (index.run_parser).
|
||||
# wikipedia_ru и pmc_bulk — массовые: читают дамп/бакет потоком и пишут пачками,
|
||||
# продолжая с сохранённой позиции (parse_sources.resume_token)
|
||||
SOURCE_TYPES = ("openalex", "cyberleninka", "arxiv", "pmc", "wikipedia_ru", "pmc_bulk")
|
||||
# Прогон в этих статусах ещё может двигаться — повторно запускать источник нельзя
|
||||
RUN_ACTIVE_STATUSES = ("queued", "running")
|
||||
|
||||
@@ -929,20 +931,24 @@ async def debug_snapshot(db: AsyncSession = Depends(get_db)) -> dict:
|
||||
# Пользователь видит вечное «обрабатывается» — молча и без следов в логах,
|
||||
# поэтому такие задачи должны быть видны в отладке (нашлись экземпляры,
|
||||
# висевшие с мая).
|
||||
# tasks.created_at/updated_at — timestamptz, поэтому сравниваем с
|
||||
# осведомлённым о зоне временем (naive utcnow() дал бы TypeError)
|
||||
task_stale_cutoff = datetime.now(UTC) - timedelta(hours=2)
|
||||
#
|
||||
# Возраст считает сама база: колонки в PostgreSQL — timestamptz, а модель
|
||||
# объявляет их без зоны, и передача сюда Python-времени ломается на
|
||||
# несовпадении (asyncpg отвергает aware-параметр, naive даёт неверный сдвиг).
|
||||
stale_tasks = (
|
||||
await db.execute(
|
||||
select(Task)
|
||||
.where(
|
||||
Task.status == "processing",
|
||||
func.coalesce(Task.updated_at, Task.created_at) < task_stale_cutoff,
|
||||
text("""
|
||||
SELECT public_id, type, created_at,
|
||||
round(extract(epoch FROM now() - coalesce(updated_at, created_at))
|
||||
/ 3600.0, 1) AS stuck_hours
|
||||
FROM tasks
|
||||
WHERE status = 'processing'
|
||||
AND coalesce(updated_at, created_at) < now() - interval '2 hours'
|
||||
ORDER BY created_at DESC
|
||||
LIMIT 20
|
||||
""")
|
||||
)
|
||||
.order_by(Task.created_at.desc())
|
||||
.limit(20)
|
||||
)
|
||||
).scalars().all()
|
||||
).all()
|
||||
|
||||
return {
|
||||
"generated_at": datetime.utcnow().isoformat(timespec="seconds"),
|
||||
@@ -980,9 +986,7 @@ async def debug_snapshot(db: AsyncSession = Depends(get_db)) -> dict:
|
||||
"public_id": t.public_id,
|
||||
"type": t.type,
|
||||
"created_at": t.created_at,
|
||||
"stuck_hours": round(
|
||||
(datetime.now(UTC) - (t.updated_at or t.created_at)).total_seconds() / 3600, 1
|
||||
),
|
||||
"stuck_hours": float(t.stuck_hours),
|
||||
}
|
||||
for t in stale_tasks
|
||||
],
|
||||
|
||||
@@ -35,6 +35,9 @@ class ParseSource(Base):
|
||||
docs_added: Mapped[int] = mapped_column(default=0)
|
||||
# Последний (пока идёт — текущий) прогон, см. ParseRun
|
||||
last_run_id: Mapped[int | None] = mapped_column(nullable=True)
|
||||
# Позиция продолжения для массовых источников: номер статьи в дампе
|
||||
# Википедии или токен страницы бакета PMC
|
||||
resume_token: Mapped[str | None] = mapped_column(Text, nullable=True)
|
||||
created_at: Mapped[datetime] = mapped_column(server_default=func.now())
|
||||
|
||||
def __repr__(self) -> str:
|
||||
|
||||
@@ -120,7 +120,9 @@ class ParseRunDetail(ParseRunResponse):
|
||||
|
||||
# ─── Источники парсинга ───────────────────────────────────────────────────────
|
||||
class ParseSourceCreate(BaseModel):
|
||||
source_type: str = Field(description="openalex / cyberleninka / arxiv / pmc")
|
||||
source_type: str = Field(
|
||||
description="openalex / cyberleninka / arxiv / pmc / wikipedia_ru / pmc_bulk"
|
||||
)
|
||||
name: str = Field(min_length=1, max_length=255)
|
||||
query: str | None = None
|
||||
lang: str | None = None
|
||||
@@ -164,7 +166,9 @@ class ParseSourceResponse(BaseModel):
|
||||
class ParseSourceBulkCreate(BaseModel):
|
||||
"""Пакетное добавление: один тип/лимит, много запросов (по строке на тему)."""
|
||||
|
||||
source_type: str = Field(description="openalex / cyberleninka / arxiv / pmc")
|
||||
source_type: str = Field(
|
||||
description="openalex / cyberleninka / arxiv / pmc / wikipedia_ru / pmc_bulk"
|
||||
)
|
||||
queries: list[str] = Field(min_length=1, max_length=500)
|
||||
name_prefix: str = ""
|
||||
lang: str | None = None
|
||||
|
||||
@@ -32,7 +32,11 @@ const SOURCE_TYPES = [
|
||||
{ value: 'openalex', label: 'OpenAlex' },
|
||||
{ value: 'cyberleninka', label: 'КиберЛенинка' },
|
||||
{ value: 'arxiv', label: 'arXiv' },
|
||||
{ value: 'pmc', label: 'PubMed Central' },
|
||||
{ value: 'pmc', label: 'PubMed Central (по теме)' },
|
||||
// Массовые: читают дамп/бакет потоком и продолжают с места остановки,
|
||||
// поэтому запускаются повторно до исчерпания источника
|
||||
{ value: 'wikipedia_ru', label: 'Википедия ru (дамп, массово)' },
|
||||
{ value: 'pmc_bulk', label: 'PubMed Central (бакет, массово)' },
|
||||
];
|
||||
|
||||
const STATUS_COLORS: Record<string, string> = {
|
||||
|
||||
132
services/worker-indexer/app/bulk_writer.py
Normal file
132
services/worker-indexer/app/bulk_writer.py
Normal file
@@ -0,0 +1,132 @@
|
||||
"""Пакетная запись документов корпуса — путь для массовых источников.
|
||||
|
||||
Обычный `index.add_document` пишет по одному документу через ORM: удобно для
|
||||
парсеров, отдающих сотни статей, но на миллионах это тупик. Замер на проде:
|
||||
построчная вставка отпечатков — 6.7 тыс. строк/с, COPY — 21 тыс. строк/с, а
|
||||
миллион статей это ~2 млрд отпечатков. Разница между сутками и неделями.
|
||||
|
||||
Поэтому массовые источники (дампы Википедии, бакет PMC) идут сюда: документы
|
||||
вставляются одной командой с ON CONFLICT, отпечатки — через COPY.
|
||||
|
||||
Elasticsearch и эмбеддинги здесь намеренно не трогаются: L1 и L2 начинают
|
||||
работать сразу, а векторы для L3 досчитываются отдельно
|
||||
(`scripts/ops/reembed_missing.py`) — иначе заливка упирается в скорость
|
||||
сервера эмбеддингов и тормозит на порядок.
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import contextlib
|
||||
import io
|
||||
import logging
|
||||
import time
|
||||
from typing import Any
|
||||
|
||||
import psycopg2
|
||||
|
||||
from app.algorithms.winnowing import sample_evenly, winnow_ordered
|
||||
from app.config import settings
|
||||
|
||||
logger = logging.getLogger(__name__)
|
||||
|
||||
# Сколько попыток пережить обрыв соединения с базой. Массовая заливка идёт
|
||||
# часами, и разрыв сети за это время — норма, а не исключение.
|
||||
DB_RETRIES = 5
|
||||
|
||||
|
||||
def connect():
|
||||
"""Отдельное подключение psycopg2: COPY недоступен через ORM-сессию."""
|
||||
return psycopg2.connect(
|
||||
host=settings.POSTGRES_HOST,
|
||||
port=settings.POSTGRES_PORT,
|
||||
dbname=settings.POSTGRES_DB,
|
||||
user=settings.POSTGRES_USER,
|
||||
password=settings.POSTGRES_PASSWORD,
|
||||
)
|
||||
|
||||
|
||||
def write_batch(conn, docs: list[dict[str, Any]], fp_limit: int) -> tuple[Any, dict[str, int]]:
|
||||
"""Записать пачку документов с отпечатками, пережив обрыв соединения.
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
conn: активное подключение psycopg2 (может быть заменено при обрыве)
|
||||
docs: документы в унифицированном формате парсеров; нужны ext_id,
|
||||
source, title и text — остальное необязательно
|
||||
fp_limit: максимум отпечатков на документ
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
(соединение, счётчики) — соединение может оказаться новым, если
|
||||
пришлось переподключаться; счётчики: added / duplicates / fingerprints
|
||||
"""
|
||||
if not docs:
|
||||
return conn, {"added": 0, "duplicates": 0, "fingerprints": 0}
|
||||
|
||||
for attempt in range(1, DB_RETRIES + 1):
|
||||
try:
|
||||
return conn, _write_once(conn, docs, fp_limit)
|
||||
except psycopg2.OperationalError as e:
|
||||
wait = min(60, 5 * attempt)
|
||||
logger.warning(
|
||||
"bulk_writer: база недоступна (%s), повтор через %sс [%s/%s]",
|
||||
str(e).strip()[:80], wait, attempt, DB_RETRIES,
|
||||
)
|
||||
time.sleep(wait)
|
||||
with contextlib.suppress(Exception):
|
||||
conn.close()
|
||||
try:
|
||||
conn = connect()
|
||||
except Exception:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
raise RuntimeError(f"не удалось записать пачку после {DB_RETRIES} попыток")
|
||||
|
||||
|
||||
def _write_once(conn, docs: list[dict[str, Any]], fp_limit: int) -> dict[str, int]:
|
||||
"""Одна попытка записи; счётчики возвращаются только при успехе."""
|
||||
added = duplicates = fingerprints = 0
|
||||
|
||||
with conn.cursor() as cur:
|
||||
cur.executemany(
|
||||
"""INSERT INTO documents (ext_id, source, title, doi, year, lang, journal,
|
||||
abstract, url, authors, indexed_at)
|
||||
VALUES (%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s,'[]'::json, now())
|
||||
ON CONFLICT (ext_id) DO NOTHING""",
|
||||
[
|
||||
(
|
||||
d["ext_id"], d["source"], (d.get("title") or "")[:1000], d.get("doi"),
|
||||
d.get("year"), d.get("lang"), (d.get("journal") or None),
|
||||
(d.get("text") or "")[:2000], d.get("url"),
|
||||
)
|
||||
for d in docs
|
||||
],
|
||||
)
|
||||
|
||||
cur.execute(
|
||||
"SELECT id, ext_id FROM documents WHERE ext_id = ANY(%s)",
|
||||
([d["ext_id"] for d in docs],),
|
||||
)
|
||||
id_by_ext = {ext: doc_id for doc_id, ext in cur.fetchall()}
|
||||
|
||||
buf = io.StringIO()
|
||||
for d in docs:
|
||||
doc_id = id_by_ext.get(d["ext_id"])
|
||||
if doc_id is None:
|
||||
continue
|
||||
# Уже с отпечатками — значит документ залит прошлым прогоном
|
||||
cur.execute("SELECT 1 FROM fingerprints WHERE doc_id = %s LIMIT 1", (doc_id,))
|
||||
if cur.fetchone():
|
||||
duplicates += 1
|
||||
continue
|
||||
|
||||
hashes = sample_evenly(winnow_ordered(d.get("text") or ""), fp_limit)
|
||||
if not hashes:
|
||||
continue
|
||||
for pos, h in enumerate(hashes):
|
||||
buf.write(f"{doc_id}\t{h}\t{pos}\n")
|
||||
fingerprints += len(hashes)
|
||||
added += 1
|
||||
|
||||
buf.seek(0)
|
||||
if added:
|
||||
cur.copy_from(buf, "fingerprints", columns=("doc_id", "hash_value", "position"))
|
||||
|
||||
conn.commit()
|
||||
return {"added": added, "duplicates": duplicates, "fingerprints": fingerprints}
|
||||
@@ -59,6 +59,12 @@ class Settings(BaseSettings):
|
||||
FULL_TEXT_MIN_CHARS: int = 500 # Минимум символов, иначе считаем извлечение неудачным
|
||||
EMBED_BATCH_SIZE: int = 64 # Размер пачки документов для диспатча эмбеддингов
|
||||
|
||||
# Сколько документов массового источника пишется одной транзакцией.
|
||||
# Больше — меньше накладных расходов, но длиннее транзакция: 500 статей по
|
||||
# 2000 отпечатков это миллион строк за раз, и на таком объёме соединение
|
||||
# обрывалось. 150 — компромисс, проверенный на заливке Википедии.
|
||||
BULK_WRITE_BATCH: int = 150
|
||||
|
||||
# Бюджет времени одного прогона index.run_parser. RabbitMQ рвёт канал
|
||||
# consumer'а, не сделавшего ack за consumer_timeout (по умолчанию 1800с):
|
||||
# воркер падает, сообщение передоставляется, таск начинается заново —
|
||||
|
||||
@@ -78,6 +78,7 @@ class ParseSource(Base):
|
||||
last_run_at: Mapped[datetime | None] = mapped_column(nullable=True)
|
||||
docs_added: Mapped[int] = mapped_column(default=0)
|
||||
last_run_id: Mapped[int | None] = mapped_column(nullable=True)
|
||||
resume_token: Mapped[str | None] = mapped_column(Text, nullable=True)
|
||||
created_at: Mapped[datetime] = mapped_column(server_default=func.now())
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -1,5 +1,6 @@
|
||||
"""Celery задачи индексации документов и проверки плагиата (уровни 1-2)."""
|
||||
|
||||
import contextlib
|
||||
import io
|
||||
from datetime import UTC, datetime
|
||||
from pathlib import Path
|
||||
@@ -531,6 +532,24 @@ def _stage_work(
|
||||
logger.warning(f"Не удалось добавить работу {task_id!r} в отстойник: {e}")
|
||||
|
||||
|
||||
def _last_pmc_key() -> str | None:
|
||||
"""Ключ бакета после последней залитой статьи PMC — старт листинга.
|
||||
|
||||
Бакет отдаётся в лексикографическом порядке ключей, и ext_id вида
|
||||
`pmc:PMC10000000` соответствует ключу `PMC10000000.1`. Берём максимальный
|
||||
залитый и продолжаем после него.
|
||||
"""
|
||||
from sqlalchemy import text as sql_text
|
||||
|
||||
with db_session() as session:
|
||||
row = session.execute(sql_text(
|
||||
"SELECT max(ext_id) FROM documents WHERE ext_id LIKE 'pmc:PMC%'"
|
||||
)).first()
|
||||
if not row or not row[0]:
|
||||
return None
|
||||
return row[0].split(":", 1)[1] + ".1"
|
||||
|
||||
|
||||
def _parser_for(source_type: str, cfg: dict[str, Any]) -> tuple[Any, dict[str, Any]]:
|
||||
"""Инстанс парсера и совместимые с его fetch() аргументы по типу источника."""
|
||||
limit = cfg["limit"]
|
||||
@@ -560,12 +579,200 @@ def _parser_for(source_type: str, cfg: dict[str, Any]) -> tuple[Any, dict[str, A
|
||||
"year_from": cfg.get("year_from"),
|
||||
"year_to": cfg.get("year_to"),
|
||||
}
|
||||
elif source_type == "wikipedia_ru":
|
||||
# Массовый источник: позиция — байтовое смещение в multistream-дампе.
|
||||
# Раньше хранился номер статьи, и каждый прогон перечитывал дамп с
|
||||
# начала: на 20 тысячах это стоило 6 минут из 25, дальше росло линейно
|
||||
from wikipedia_ru import WikipediaRuParser as P
|
||||
kwargs = {
|
||||
"limit": limit,
|
||||
"dump_path": query or None, # query = путь к дампу, если задан
|
||||
"start_offset": int(cfg.get("resume_token") or 0),
|
||||
}
|
||||
elif source_type == "core":
|
||||
# Массовый источник: позиция — "год:смещение". Выборка режется по
|
||||
# годам, потому что offset у CORE упирается в 100 000 (см. core.py)
|
||||
from core import COREParser as P
|
||||
kwargs = {
|
||||
"limit": limit,
|
||||
"query": query,
|
||||
"year_from": cfg.get("year_from"),
|
||||
"year_to": cfg.get("year_to"),
|
||||
"resume_token": cfg.get("resume_token"),
|
||||
}
|
||||
elif source_type == "pmc_bulk":
|
||||
from pmc_bulk import PMCBulkParser as P
|
||||
kwargs = {
|
||||
"limit": limit,
|
||||
"resume_token": cfg.get("resume_token"),
|
||||
# Токена ещё нет (первый прогон после ручных заливок) — начинаем
|
||||
# после последней уже залитой статьи, иначе листинг часами
|
||||
# перемалывает существующие как дубли
|
||||
"start_after": None if cfg.get("resume_token") else _last_pmc_key(),
|
||||
}
|
||||
else:
|
||||
raise ValueError(f"неизвестный тип источника: {source_type}")
|
||||
|
||||
return P(), kwargs
|
||||
|
||||
|
||||
def _ingest_one_by_one(parser: Any, raw_docs: Any, prog: Any, run_id: int) -> tuple[bool, bool]:
|
||||
"""Обычный путь: документ за документом через add_document.
|
||||
|
||||
Подходит источникам, отдающим сотни статей: работает ORM-логика с
|
||||
дедупликацией, индексацией в Elasticsearch и обогащением полным текстом.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
(отменён, исчерпан бюджет времени)
|
||||
"""
|
||||
cancelled = exhausted = False
|
||||
|
||||
prog.stage = "index"
|
||||
prog.count_fetched(len(raw_docs))
|
||||
prog.log("info", f"получено {len(raw_docs)} документов, индексация")
|
||||
_write_run(run_id, **prog.snapshot())
|
||||
|
||||
# Эмбеддинги диспатчим пачками, а не по одному документу: так worker-gpu
|
||||
# кодирует батч разом и переписывает FAISS-индекс на диск раз в N добавлений,
|
||||
# а не на каждый документ.
|
||||
embed_batch: list[int] = []
|
||||
batch_size = settings.EMBED_BATCH_SIZE
|
||||
|
||||
def _flush_embed() -> None:
|
||||
if embed_batch:
|
||||
celery_app.send_task(
|
||||
"gpu.embed_documents", args=[list(embed_batch)], queue="queue.gpu"
|
||||
)
|
||||
embed_batch.clear()
|
||||
|
||||
for raw in raw_docs:
|
||||
if not cancelled and prog.over_budget:
|
||||
exhausted = True
|
||||
prog.log("warning", f"бюджет времени {prog.budget_s:.0f}с исчерпан на индексации")
|
||||
if cancelled or exhausted:
|
||||
break
|
||||
try:
|
||||
doc = parser.transform(raw)
|
||||
if not (doc and doc.get("title") and doc.get("ext_id")):
|
||||
prog.count_result("skipped")
|
||||
continue
|
||||
result = add_document(doc, dispatch_embed=False)
|
||||
prog.count_result(result.get("status", "error"))
|
||||
if result.get("status") == "indexed":
|
||||
embed_batch.append(result["doc_id"])
|
||||
if len(embed_batch) >= batch_size:
|
||||
_flush_embed()
|
||||
except Exception as e:
|
||||
prog.count_result("error")
|
||||
prog.log("warning", f"документ пропущен: {e}")
|
||||
logger.warning(f"run_parser: ошибка документа: {e}")
|
||||
|
||||
if prog.should_flush():
|
||||
cancelled = _write_run(run_id, **prog.snapshot())
|
||||
prog.mark_flushed()
|
||||
if cancelled:
|
||||
prog.log("warning", "отмена по запросу из админки")
|
||||
|
||||
_flush_embed()
|
||||
return cancelled, exhausted
|
||||
|
||||
|
||||
def _ingest_bulk(
|
||||
parser: Any, raw_docs: Any, prog: Any, run_id: int, source_id: int
|
||||
) -> tuple[bool, bool]:
|
||||
"""Массовый путь: статьи приходят потоком и пишутся пачками через COPY.
|
||||
|
||||
Отличия от обычного пути и почему они нужны:
|
||||
- парсер отдаёт генератор, поэтому счётчик «получено» растёт по ходу дела,
|
||||
а не известен заранее;
|
||||
- запись идёт пакетно (bulk_writer), иначе миллионы отпечатков занимают
|
||||
недели вместо суток;
|
||||
- позиция продолжения сохраняется в источнике, чтобы следующий прогон
|
||||
начинал с места остановки, а не перечитывал дамп с начала.
|
||||
|
||||
Эмбеддинги здесь не диспатчатся: они считаются заметно медленнее заливки и
|
||||
делали бы её узким местом. Векторы досчитываются отдельно —
|
||||
`scripts/ops/reembed_missing.py`.
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
(отменён, исчерпан бюджет времени)
|
||||
"""
|
||||
from app.bulk_writer import connect, write_batch
|
||||
from app.models import ParseSource
|
||||
|
||||
cancelled = exhausted = False
|
||||
prog.stage = "index"
|
||||
prog.log("info", "массовый источник: запись пачками")
|
||||
_write_run(run_id, **prog.snapshot())
|
||||
|
||||
conn = connect()
|
||||
batch: list[dict[str, Any]] = []
|
||||
resume_token: str | None = None
|
||||
batch_size = settings.BULK_WRITE_BATCH
|
||||
|
||||
def save_resume() -> None:
|
||||
"""Запомнить позицию в источнике — с неё продолжит следующий прогон."""
|
||||
if resume_token is None:
|
||||
return
|
||||
with db_session() as session:
|
||||
src = session.get(ParseSource, source_id)
|
||||
if src:
|
||||
src.resume_token = str(resume_token)
|
||||
session.commit()
|
||||
|
||||
def flush() -> bool:
|
||||
"""Записать накопленное; True — попросили остановиться."""
|
||||
nonlocal conn, batch
|
||||
if not batch:
|
||||
return False
|
||||
conn, counts = write_batch(conn, batch, settings.MAX_FINGERPRINTS_PER_DOC)
|
||||
for _ in range(counts["added"]):
|
||||
prog.count_result("indexed")
|
||||
for _ in range(counts["duplicates"]):
|
||||
prog.count_result("duplicate")
|
||||
batch = []
|
||||
save_resume()
|
||||
stop = _write_run(run_id, **prog.snapshot())
|
||||
prog.mark_flushed()
|
||||
return stop
|
||||
|
||||
try:
|
||||
for raw in raw_docs:
|
||||
if prog.over_budget:
|
||||
exhausted = True
|
||||
prog.log("warning", f"бюджет времени {prog.budget_s:.0f}с исчерпан")
|
||||
break
|
||||
try:
|
||||
doc = parser.transform(raw)
|
||||
except Exception as e:
|
||||
prog.count_result("error")
|
||||
logger.warning(f"run_parser bulk: ошибка документа: {e}")
|
||||
continue
|
||||
|
||||
if not (doc and doc.get("ext_id") and doc.get("text")):
|
||||
prog.count_result("skipped")
|
||||
continue
|
||||
|
||||
# Позиция продолжения: у Википедии — номер статьи в дампе,
|
||||
# у PMC — токен страницы бакета
|
||||
resume_token = doc.get("dump_offset") or doc.get("resume_token") or resume_token
|
||||
batch.append(doc)
|
||||
prog.count_fetched(prog.fetched + 1)
|
||||
|
||||
if len(batch) >= batch_size and flush():
|
||||
cancelled = True
|
||||
prog.log("warning", "отмена по запросу из админки")
|
||||
break
|
||||
|
||||
if not cancelled and flush():
|
||||
cancelled = True
|
||||
finally:
|
||||
with contextlib.suppress(Exception):
|
||||
conn.close()
|
||||
|
||||
return cancelled, exhausted
|
||||
|
||||
|
||||
def _write_run(run_id: int, **fields: Any) -> bool:
|
||||
"""Записать прогресс прогона и вернуть True, если запрошена отмена.
|
||||
|
||||
@@ -622,6 +829,8 @@ def run_parser(self, source_id: int, run_id: int | None = None) -> dict[str, Any
|
||||
"year_from": src.year_from,
|
||||
"year_to": src.year_to,
|
||||
"limit": src.limit,
|
||||
# Массовые источники продолжают с сохранённой позиции
|
||||
"resume_token": src.resume_token,
|
||||
}
|
||||
src.last_status = "running"
|
||||
src.last_error = None
|
||||
@@ -676,53 +885,13 @@ def run_parser(self, source_id: int, run_id: int | None = None) -> dict[str, Any
|
||||
# fetch+transform без записи в JSONL — работаем in-memory
|
||||
raw_docs = parser.fetch(**fetch_kwargs, progress_cb=on_fetch_progress)
|
||||
|
||||
prog.stage = "index"
|
||||
prog.count_fetched(len(raw_docs))
|
||||
prog.log("info", f"получено {len(raw_docs)} документов, индексация")
|
||||
_write_run(run_id, **prog.snapshot())
|
||||
|
||||
# Эмбеддинги диспатчим пачками, а не по одному документу: так worker-gpu
|
||||
# кодирует батч разом и переписывает FAISS-индекс на диск раз в N добавлений,
|
||||
# а не на каждый документ.
|
||||
embed_batch: list[int] = []
|
||||
batch_size = settings.EMBED_BATCH_SIZE
|
||||
|
||||
def _flush_embed() -> None:
|
||||
if embed_batch:
|
||||
celery_app.send_task(
|
||||
"gpu.embed_documents", args=[list(embed_batch)], queue="queue.gpu"
|
||||
)
|
||||
embed_batch.clear()
|
||||
|
||||
for raw in raw_docs:
|
||||
if not cancelled and prog.over_budget:
|
||||
exhausted = True
|
||||
prog.log("warning", f"бюджет времени {prog.budget_s:.0f}с исчерпан на индексации")
|
||||
if cancelled or exhausted:
|
||||
break
|
||||
try:
|
||||
doc = parser.transform(raw)
|
||||
if not (doc and doc.get("title") and doc.get("ext_id")):
|
||||
prog.count_result("skipped")
|
||||
continue
|
||||
result = add_document(doc, dispatch_embed=False)
|
||||
prog.count_result(result.get("status", "error"))
|
||||
if result.get("status") == "indexed":
|
||||
embed_batch.append(result["doc_id"])
|
||||
if len(embed_batch) >= batch_size:
|
||||
_flush_embed()
|
||||
except Exception as e:
|
||||
prog.count_result("error")
|
||||
prog.log("warning", f"документ пропущен: {e}")
|
||||
logger.warning(f"run_parser: ошибка документа: {e}")
|
||||
|
||||
if prog.should_flush():
|
||||
cancelled = _write_run(run_id, **prog.snapshot())
|
||||
prog.mark_flushed()
|
||||
if cancelled:
|
||||
prog.log("warning", "отмена по запросу из админки")
|
||||
|
||||
_flush_embed()
|
||||
if getattr(parser, "bulk", False):
|
||||
# Массовые источники (дамп Википедии, бакет PMC) отдают генератор:
|
||||
# миллионы статей нельзя ни держать в памяти, ни писать по одной
|
||||
# через ORM — для них отдельный путь с пакетной записью
|
||||
cancelled, exhausted = _ingest_bulk(parser, raw_docs, prog, run_id, source_id)
|
||||
else:
|
||||
cancelled, exhausted = _ingest_one_by_one(parser, raw_docs, prog, run_id)
|
||||
except Exception as e:
|
||||
error_msg = str(e)[:500]
|
||||
prog.log("error", f"прогон упал: {error_msg}")
|
||||
|
||||
@@ -12,3 +12,4 @@ langdetect==1.0.9
|
||||
beautifulsoup4==4.12.3 # парсер CyberLeninka: детали статьи (fetch_article_details)
|
||||
pydantic-settings==2.2.1
|
||||
httpx==0.27.0
|
||||
socksio==1.0.0 # SOCKS5-прокси для httpx (CORE блокирует запросы из РФ, см. scripts/parsers/core.py)
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user